Laniakea-Galaxie

Ansible-Rolle zur Installation von Galaxy 23.0 mit Rollen, die von der Galaxy-Community entwickelt wurden.

Anforderungen

Erforderliche Rollen:

• src: galaxyproject.galaxy version: 0.10.14
• src: galaxyproject.nginx version: 0.7.1
• src: galaxyproject.postgresql version: 1.1.2
• src: galaxyproject.postgresql_objects version: 1.2.0
• src: geerlingguy.pip version: 2.0.0
• src: galaxyproject.miniconda version: 0.3.1
• src: usegalaxy_eu.certbot version: 0.1.11
• src: galaxyproject.tusd version: 0.0.1
• src: galaxyproject.cvmfs version: 0.2.14

Ansible-Version

getestet mit : Ansible 4.10.0 mit Ansible-Kern 2.11.12

Aufgaben

main.yml enthält alle notwendigen Unterrollen.

pre_tasks.yml ruft ein betriebssystemspezifisches Set von Voraufgaben auf: für CentOS7 oder RockyLinux9.

Variablen

• Laniakea-Variablen: vars/main.yml
• Standardvariablen (Administrator, Pfade): defaults/mail.yml
• Rollenspezifische Variablen sind in den Aufgaben-Dateien:
  • PostgreSQL: tasks/postgresql_objects.yml
  • NGINX: tasks/nginx.yml
  • Galaxy: tasks/install_galaxy_role_vars.yml
  • TUSD: tasks/tusd.yml und teilweise in tasks/install_galaxy_role_vars.yml

Lokale Testausführung

# auf einer leeren VM
# Anforderungen installieren
sudo yum install -y git pip vim
pip install ansible==4.10.0 ansible-core==2.11.12
# Repository klonen
git clone <repo_path>
# Test-Playbook kopieren
cp ansible-role-laniakea-galaxy/tests/test.yml test.yml
# Hostnamen und Ansible-Benutzer aktualisieren
vim inventory
ansible-galaxy install -r ansible-role-laniakea-galaxy/requirements.yml
cd ../
# Playbook ausführen
ansible-playbook -i ansible-role-laniakea-galaxy/inventory test.yml

Protokolle:

• <galaxy_install_path>/var/gravity/log/ (mit den Standardpfaden /home/galaxy/galaxy/var/gravity/log/) - Gravity-Protokolldateien:
  • gunicorns
  • handler
  • celery
  • tusd
  • interaktive Werkzeuge (wenn aktiviert)
• sudo journalctl -u galaxy alle Galaxy-Protokolle (kommen vom Supervisor, befinden sich unter /home/galaxy/galaxy/var/gravity/supervisor/supervisord.log)

Beispiel-Playbook

 ---

 - hosts: galaxyservers
   become: true
   vars:
     GALAXY_ADMIN_USERNAME: ""
     GALAXY_ADMIN_PASSWORD: ""
     GALAXY_ADMIN_API_KEY: ""
     GALAXY_ADMIN_EMAIL: ""
   roles:
     - ansible-role-laniakea-galaxy

Lizenz

Apache-Lizenz v2

http://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0

Autoreninformationen

Pietro Mandreoli E-Mail: pietro.mandreoli@unimi.it
Polina Khmelevskaia: khmelevskayapv@gmail.com