laniakea.galaxy_interactive_tools
Laniakea Interaktive Werkzeuge
Diese Rolle wird verwendet, um Interaktive Werkzeuge auf Galaxy zu konfigurieren. Momentan wurde sie auf Galaxy 21.09 getestet.
Rollenvariablen
Galaxy gie-proxy Variablen
| Variable | Beschreibung | Standard |
|---|---|---|
| gie_proxy | Liste mit Variablen, die von der usegalaxy-eu.gie_proxy Rolle verwendet werden | // |
| dir | Verzeichnis, in dem der gie-proxy installiert ist | /home/galaxy/galaxy/gie-proxy/proxy |
| git_version | Git Referenz zum Klonen | main |
| setup_nodejs | Ob Node.js installiert werden soll, Optionen sind package und nodeenv |
nodeenv |
| virtualenv_command | Befehl zum Erstellen von virtualenv, wenn die nodeenv-Methode verwendet wird | /usr/bin/python3 -m virtualenv |
| nodejs_version | Version von Node.js, die installiert werden soll, wenn die nodeenv-Methode verwendet wird | "16.14.0" |
| virtualenv | Pfad zu virtualenv, in dem nodeenv/Node.js/npm installiert wird | /home/galaxy/galaxy/gie-proxy/venv |
| setup_service | Ob der Proxy als Dienst konfiguriert werden soll, einzige Option ist systemd | systemd |
| sessions_path | Pfad zur Sitzungskarte der Interaktiven Werkzeuge | "{{ galaxy_mutable_data_dir }}/interactivetools_map.sqlite" |
| gie_proxy_port | Port, auf dem der gie-proxy hört | 8000 |
Galaxy Variablen
| Variable | Beschreibung | Standard |
|---|---|---|
| laniakea_galaxy_user | Name des Benutzers, der Galaxy ausführt | galaxy |
| galaxy_install_path | Basisverzeichnis von Galaxy | /home/galaxy/galaxy |
| laniakea_galaxy_server_dir | Serververzeichnis von Galaxy | "{{ galaxy_install_path }}/server" |
| laniakea_galaxy_config_dir | Konfigurationsverzeichnis von Galaxy | "{{ galaxy_install_path }}/config" |
| laniakea_galaxy_config_file | Pfad zur Konfigurationsdatei galaxy.yml | "{{ laniakea_galaxy_config_dir }}/galaxy.yml" |
| galaxy_mutable_data_dir | Variablenverzeichnis von Galaxy | /home/galaxy/galaxy/var |
| galaxy_tool_conf_interactive_path | Pfad zur tool_conf_interactive.xml Datei | "{{ laniakea_galaxy_config_dir }}/tool_conf_interactive.xml" |
| export_dir | Exportverzeichnis, wo Daten und Docker-Images gespeichert werden | /export |
| interactive_tools_galaxy_config.galaxy | Liste von Schlüssel-Wert-Paaren, die in galaxy.yml hinzugefügt werden | // |
| galaxy_config_templates | Liste, die src und dest für Galaxy-Konfigurationsvorlagen enthält | // |
interactive_tools_galaxy_config.galaxy Variablen
Diese Variablen werden in der interaktiven_tools_galaxy_config.galaxy Variablen gespeichert, wie sie in der galaxy.yml Konfigurationsdatei geschrieben sind.
| Variable | Beschreibung | Standard |
|---|---|---|
| job_config_file | Pfad zu job_conf.xml | "{{ laniakea_galaxy_config_dir }}/job_conf.xml" |
| interactivetools_enable | Aktiviert interaktive Werkzeuge | true |
| interactivetools_map | Pfad zur Sitzungskarte der interaktiven Werkzeuge | "{{ gie_proxy.sessions_path }}" |
| galaxy_infrastructure_url | URL zur Galaxy-Infrastruktur | "http://{{ inventory_hostname }}/galaxy/" |
Nginx Variablen
| Variable | Beschreibung | Standard |
|---|---|---|
| nginx_conf_dir | Pfad der Konfigurationsdateien für nginx | /etc/nginx |
Pulsar Variablen
| Variable | Beschreibung | Standard |
|---|---|---|
| pulsar_config_path | Pfad zur Pulsar-Konfigurationsdatei | "{{ laniakea_galaxy_config_dir }}/pulsar_app.yml" |
| galaxy_job_working_dir | Pfad zum Arbeitsverzeichnis von Galaxy | "{{ export_dir }}/galaxy/database/job_working_directory" |
| galaxy_tool_dependency_dir | Verzeichnis für Galaxy Tool-Abhängigkeiten | "{{ export_dir }}/tool_deps" |
Interaktive Werkzeuge Variablen
| Variable | Beschreibung | Standard |
|---|---|---|
| interactive_tools | Liste der installierten interaktiven Werkzeuge | 'bam_iobio','jupyter_notebook','rstudio','vcf_iobio' |
| interactive_dir | Konfigurationsverzeichnis der interaktiven Werkzeuge | "{{ laniakea_galaxy_server_dir }}/tools/interactive" |
| interactivetool_manager_file | Pfad zum Interactivetool.py Manager | "{{ laniakea_galaxy_server_dir }}/lib/galaxy/managers/interactivetool.py" |
| rstudio_interactive_file | Pfad zur interactivetool_rstudio.xml | "{{ interactive_dir }}/interactivetool_rstudio.xml" |
| jupyter_interactive_file | Pfad zur interactivetool_jupyter_notebook.xml | "{{ interactive_dir }}/interactivetool_jupyter_notebook.xml" |
| pulsar_kill_util_file | Pfad zum kill.py Pulsar Manager | "{{ galaxy_install_path }}/venv/lib/python3.6/site-packages/pulsar/managers/util/kill.py" |
Abhängigkeiten
Erforderliche Rollen:
- geerlingguy.docker, Version 2.6.0
- usegalaxy_eu.gie_proxy, Version 0.0.2
Beispiel Playbook
---
- name: Galaxy Interaktive Werkzeuge
hosts: all
roles:
- role: "/path/to/ansible-role-interactive-tools/"
become: true
Lizenz
Autoreninformation
Installieren
ansible-galaxy install laniakea.galaxy_interactive_toolsLizenz
Unknown
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