Oefenweb.latest_r

r

R in der neuesten Version auf Ubuntu-Systemen einrichten.

Anforderungen

• littler (wird installiert)
• bash (wird nicht installiert)
• software-properties-common (wird installiert)
• dirmngr (wird installiert)
• apt-transport-https (wird installiert)

Variablen

• r_version: [Standard: 34, 35 für Ubuntu >= 18.04, 40 für Ubuntu >= 20.04]: Zu installierende Version

• r_cran_mirror: [Standard: https://cran.rstudio.com/]: Dein bevorzugter CRAN-Mirror

• r_bioclite_url: [Standard: https://bioconductor.org/biocLite.R]: URL des biocLite.R-Skripts für die Installation von Bioconductor

• r_install_dev: [Standard: false]: Ob das Paket r-base-dev installiert werden soll oder nicht

• r_install: [Standard: ['littler']]: Zusätzliche (apt) Pakete, die installiert werden sollen (z.B. r-recommended)

• r_packages_lib: [Standard: /usr/local/lib/R/site-library]: Das (Standard-)Verzeichnis zum Installieren von Paketen

• r_packages_repos: [Standard: "{{ r_cran_mirror }}"]: Die (Standard-)URL zum Installieren von Paketen

• r_packages: [Standard: []]: (CRAN) Pakete, die installiert oder entfernt werden sollen

• r_packages.{n}.name: [erforderlich]: Name des Pakets

• r_packages.{n}.state: [optional, Standard: present]: Der Status des Pakets (z.B. updated, absent)

• r_packages.{n}.type: [optional, Standard: cran]: Der Typ des Pakets (z.B. bioconductor)

• r_packages.{n}.lib: [optional, Standard: r_packages_lib]: Das Verzeichnis, in das das Paket installiert werden soll

• r_packages.{n}.repos: [optional, Standard: r_packages_repos]: Die URL, von der das Paket installiert werden soll

• r_environment: [Standard: {}]: Umgebungsvariablen, die gesetzt werden sollen (während der Installations-, Aktualisierungs- oder Löschaufgaben für Pakete)

• r_scripts_install_path:: [Standard: /usr/local/bin]: Der Pfad, wo das R-Skript installiert wird, das zum Installieren, Aktualisieren und Löschen von R-Paketen verwendet wird

• r_scripts_install_owner: [Standard: root]: Der Eigentümer des R-Skripts, das installiert, aktualisiert und gelöscht wird

• r_scripts_install_group: [Standard: root]: Die Gruppe des R-Skripts, das installiert, aktualisiert und gelöscht wird

Abhängigkeiten

Keine

Beispiel(e)

Einfach

---
- hosts: alle
  roles:
    - oefenweb.r

Fortgeschritten

---
- hosts: alle
  roles:
    - oefenweb.r
  vars:
    r_install_dev: true
    # apt-Pakete
    r_install:
      - r-recommended
    # cran, bioconductor oder github (R) Pakete
    r_packages:
      - name: dplyr
      - name: Biobase
        type: bioconductor
      - name: mangothecat/franc
        type: github

Lizenz

MIT

Autoreninformationen

Mischa ter Smitten

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