indigo-dc.disvis-powerfit

Rolle und Dockerfile für die Anwendungen disvis und powerfit

Rollen und Dockerfiles zur Installation der Anwendungen disvis oder powerfit:

Die Anwendung kann über eine Rollenvorgabe ausgewählt werden.

Einführung

Das Repository enthält Ansible-Rollen, die in Ansible Galaxy veröffentlicht sind: https://galaxy.ansible.com/indigo-dc/disvis-powerfit/

Die Verzeichnisse docker-disvis und docker-powerfit sind mit Docker Hub verlinkt und ermöglichen den automatischen Build dieser 2 Images. Diese Images können disvis oder powerfit entweder auf CPUs oder auf GPUs ausführen. Die NVIDIA-Treiberversion wird unten in der Standardvariable der Ansible-Rolle nvidia_driver_version angezeigt.

Anforderungen

Die Rolle LIP-Computing.ansible-role-nvidia sollte zuvor ausgeführt werden, um den NVIDIA-Treiber zu installieren. Sie ist im Repository gehostet:

https://github.com/LIP-Computing/ansible-role-nvidia

Überprüfen Sie die README, um die Rolle zu installieren und auszuführen.

Rollenvorgaben

Die Variablen, die an diese Rolle übergeben werden können, sowie eine kurze Beschreibung sind wie folgt.

Haddocking-Anwendung: disvis oder powerfit
- haddock_app: Standard = disvis
URL mit OpenCL-Headern
- opencl_url: Standard = http://www.lip.pt/~david/cl_include.tgz

Installieren des Playbooks

Um die Rolle zu installieren:

$ ansible-galaxy install indigo-dc.disvis-powerfit

Playbook ausführen

Ein Beispiel für ein Playbook für disvis:

---
- hosts: localhost
  roles:
    - { role: indigo-dc.disvis-powerfit, haddock_app: disvis }

Oder ausführen:

$ ansible-playbook /etc/ansible/roles/indigo-dc.disvis-powerfit/tests/disvis.yml

Ein Beispiel für ein Playbook für powerfit:

---
- hosts: localhost
  roles:
    - { role: indigo-dc.disvis-powerfit, haddock_app: powerfit }

Oder ausführen:

$ ansible-playbook /etc/ansible/roles/indigo-dc.disvis-powerfit/tests/powerfit.yml

Die disvis-Anwendung ausführen

Das Beispiel führt disvis auf der CPU mit 2 Threads aus:

$ cd /home
$ mkdir out
$ export LD_LIBRARY_PATH=/usr/lib/x86_64-linux-gnu:/usr/local/lib64
$ export EX_DIR=/usr/local/disvis/test-cases/PRE5-PUP2-complex
$ disvis ${EX_DIR}/O14250.pdb ${EX_DIR}/Q9UT97.pdb ${EX_DIR}/restraints.dat -p 2 -a 20.0 -vs 2 -d /home/out

Um auf der GPU auszuführen:

$ cd /home
$ mkdir out
$ export LD_LIBRARY_PATH=/usr/lib/x86_64-linux-gnu:/usr/local/lib64
$ export EX_DIR=/usr/local/disvis/test-cases/PRE5-PUP2-complex
$ disvis ${EX_DIR}/O14250.pdb ${EX_DIR}/Q9UT97.pdb ${EX_DIR}/restraints.dat -g -a 20.0 -vs 2 -d /home/out