OMERO Server

Installiert und konfiguriert OMERO.server.

Warnung: Unterstützt nur Python 3. Siehe CHANGES.md für Details.

Abhängigkeiten

Ein PostgreSQL-Server wird benötigt.

Variablen der Rolle

Alle Variablen sind optional, siehe defaults/main.yml für die vollständige Liste.

OMERO.server Version.

• omero_server_release: Die OMERO-Version, z.B. 5.6.0. Der Standard ist present, was den neuesten Server installiert, wenn noch kein Server vorhanden ist, aber einen bestehenden Server nicht ändert. Verwenden Sie latest, um automatisch zu aktualisieren, wenn eine neue Version veröffentlicht wird.

Datenbankverbindungsparameter und Initialisierung.

• omero_server_dbhost: Datenbank-Host
• omero_server_dbuser: Datenbank-Benutzer
• omero_server_dbname: Datenbank-Name
• omero_server_dbpassword: Datenbank-Passwort
• omero_server_rootpassword: OMERO-Root-Passwort, Standard ist omero. Dies wird nur bei der Initialisierung einer neuen Datenbank verwendet.

OMERO.server Konfiguration.

• omero_server_config_set: Ein Dictionary von config-key: value, das für die Initialkonfiguration von OMERO.server verwendet wird, standardleer. value kann ein String oder ein Objekt (Liste, Dictionary) sein, das automatisch in JSON mit Anführungszeichen umgewandelt wird. Beachten Sie, dass die Konfiguration auch vor/nach der Installation mit dem server/config conf.d Stilverzeichnis erfolgen kann.

OMERO Systembenutzer, Gruppe, Berechtigungen und Datenverzeichnis. Möglicherweise müssen Sie diese für Importe anpassen.

• omero_server_system_user: OMERO.server Systembenutzer, Standard ist omero-server.
• omero_server_system_user_manage: Erstellen oder aktualisieren Sie den OMERO.server Systembenutzer, falls erforderlich, Standard ist True.
• omero_server_system_uid: OMERO-Systembenutzer-ID (Standard automatisch)
• omero_server_system_umask: OMERO-Systembenutzer umask, muss möglicherweise für Importe angepasst werden
• omero_server_system_managedrepo_group: OMERO-Systemgruppe für das ManagedRepository
• omero_server_datadir_mode: Berechtigungen für OMERO-Datenverzeichnisse, abgesehen vom ManagedRepository
• omero_server_datadir_managedrepo_mode: Berechtigungen für das OMERO ManagedRepository
• omero_server_datadir: OMERO-Datenverzeichnis, Standard ist /OMERO
• omero_server_datadir_managedrepo: OMERO ManagedRepository-Verzeichnis
• omero_server_selfsigned_certificates: Generierung von selbstsignierten Zertifikaten anstelle von anonymen Chiffren, Standard ist True, verwenden Sie dies, wenn Ihr System unsichere Chiffren nicht unterstützt.

OMERO.server systemd-Konfiguration.

• omero_server_systemd_setup: Erstellen und starten Sie den omero-server systemd-Dienst, Standard ist True.
• omero_server_systemd_limit_nofile: Systemd-Limit für die Anzahl der geöffneten Dateien (Standard ignorieren).
• omero_server_systemd_after: Eine Liste von Strings mit zusätzlichen Dienstnamen, die in den "After"-Anweisungen der systemd-Einheit erscheinen. Standard leer/none.
• omero_server_systemd_requires: Eine Liste von Strings mit zusätzlichen Dienstnamen, die in den "Requires"-Anweisungen der systemd-Einheit erscheinen. Standard leer/none.
• omero_server_systemd_environment: Dictionary zusätzlicher Umgebungsvariablen.

Python virtualenv

• omero_server_python_addons: Liste zusätzlicher Python-Pakete, die in den virtualenv installiert werden sollen. Alternativ können Sie Pakete unabhängig von dieser Rolle in /opt/omero/server/venv3 installieren.

Sicherungen

• omero_server_database_backupdir: Dumpen Sie die OMERO-Datenbank in dieses Verzeichnis vor dem Upgrade, Standard leer (deaktiviert).

Konfigurieren von OMERO.server

Diese Rolle regeneriert die OMERO-Konfigurationsdatei mit Hilfe der Konfigurationsdateien und des Hilfsskripts in /opt/omero/server/config. omero_server_config_set kann für einfache Konfigurationen verwendet werden. Für alles Komplexere sollten Sie eine oder mehrere Konfigurationsdateien unter: /opt/omero/server/config/ mit der Endung .omero erstellen.

Manuelle Konfigurationsänderungen (omero config ...) gehen nach einem Neustart von omero-server mit systemd verloren. Sie können dies deaktivieren, indem Sie omero_server_always_reset_config: false setzen. Manuelle Konfigurationsänderungen werden während eines Upgrades niemals kopiert.

Siehe https://github.com/ome/design/issues/70 für einen Vorschlag, eine conf.d-Stil Verzeichnis direkt in OMERO zu unterstützen.

Beispiel-Playbooks

# Die neueste Version installieren, einschließlich PostgreSQL auf demselben Server
- hosts: localhost
  roles:

  - role: ome.postgresql
    postgresql_version: "13"
    postgresql_databases:
      - name: omero
        owner: omero
    postgresql_users:
      - user: omero
        password: omero
        databases: [omero]

  - role: ome.omero_server


# Installieren oder auf eine bestimmte Version aktualisieren, mit einer externen Datenbank
- hosts: localhost
  roles:
  - ome.omero_server
    omero_server_release: 5.6.0
    omero_server_dbhost: postgres.example.org
    omero_server_dbuser: db_user
    omero_server_dbname: db_name
    omero_server_dbpassword: db_password
    # Version erforderlich für den psql-Client
    postgresql_version: "13"

Autoreninformationen

ome-devel@lists.openmicroscopy.org.uk