indigo-dc.galaxycloud_docker

Diese Rolle wurde entwickelt, um im Laniakea-Projekt verwendet zu werden, um die offiziellen Galaxy Docker Container und deren Varianten auf einer CentOS 7 (oder Ubuntu 16.04) virtuellen Maschine auszuführen, einen Galaxy-Administratorbenutzer zu erstellen und ein bestimmtes CernVM-Dateisystem zu mounten.

Galaxy-Anpassung

• Erstellung eines Administratorbenutzers
• Anpassung des Galaxy-Brandings
• Anonymer Login deaktiviert
• Benutzererstellung erlaubt
• Benutzerimitierung erlaubt
• CVMFS-Anpassung (Standard: data.galaxyproject.org)

Voraussetzungen

Diese Ansible-Rolle unterstützt CentOS 7 und Ubuntu 16.04 Xenial.

Minimale Ansible-Version: 2.1.2.0

Rollenvariablen

Hauptvariablen

galaxy_instance_description: Setzt das Galaxy-Branding, Standard = "ELIXIR-IT"

export_dir: Verzeichnis für Galaxy-Datenbankdateien und Docker-Images, Standard = "/export"

galaxy_flavor: "<owner>/<docker>:<docker_flag>", Setzt den Galaxy Docker-Container, Standard = "bgruening/galaxy-stable:18.05"

tool_data_table_conf: Standardpfad zur Datei tool_data_table_conf.xml = '/etc/galaxy/tool_data_table_conf.xml'

Erstellung des Galaxy-Administratorbenutzers

GALAXY_ADMIN_PASSWORD: Passwort für den Galaxy-Administrator.

GALAXY_ADMIN_API_KEY: API-Schlüssel für den Galaxy-Administrator.

GALAXY_ADMIN_EMAIL: E-Mail des Galaxy-Administrators.

Galaxy CVMFS-Rollenvariable

refdata_cvmfs_repository_name: Name des CVMFS-Repositorys, das im Docker-Container gemountet werden soll, Standard = "elixir-italy.covacs.refdata"

server_url: IP-Adresse oder URL des STRATUM 0 oder STRATUM 1 Servers, Standard = "90.147.75.251"

cvmfs_server_url: "http://{{ server_url }}/cvmfs/{{ refdata_cvmfs_repository_name }}"

cvmfs_public_key_path: URL des Schlüssels zum Herunterladen, Standard = "/etc/cvmfs/keys"

cvmfs_public_key: "{{ refdata_cvmfs_repository_name }}.pub"

proxy_url: Proxy-Server oder DIREKT, Standard = DIREKT

proxy_port: 80

cvmfs_http_proxy: "http://{{ proxy_url }}:{{ proxy_port }}"

cvmfs_mountpoint: Docker-Mountpunkt für den CVMFS-Server, Standard = "/cvmfs"

Rollenvorlagen

default.local.j2: Konfigurationsdatei für das CVMFS-Repository, das im Galaxy Docker gemountet wird.

mygalaxyenv.j2: Env-Datei mit den Umgebungsvariablen für die Konfiguration des Galaxy Dockers.

Abhängigkeiten

indigo-dc.docker: Installiert die Docker-Engine und speichert die Docker-Images im externen Volume (/export).

Beispiel-Playbook

- name: minimales Playbook
  hosts: localhost
  roles:
    - { role: galaxycloud_docker }
  vars:
    GALAXY_ADMIN_EMAIL: "<deine@email>"

Lizenz

Apache Lizenz v2

http://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0

Referenzen

Galaxy Docker: https://github.com/bgruening/docker-galaxy-stable

Dokumentation zum Laniakea-Projekt: https://laniakea.readthedocs.io/en/latest/

Offizielle CVMFS-Dokumentation: http://cvmfs.readthedocs.io/en/stable/cpt-repo.html