laniakea.galaxy_interactive_tools

Laniakea Herramientas Interactivas

Este rol se utiliza para configurar Herramientas Interactivas en Galaxy. Actualmente, ha sido probado en Galaxy 21.09.

Variable	Descripción	Predeterminado
gie_proxy	Lista que contiene variables utilizadas por el rol usegalaxy-eu.gie_proxy	//
dir	Directorio donde está instalado el gie-proxy	/home/galaxy/galaxy/gie-proxy/proxy
git_version	Referencia de Git para clonar	main
setup_nodejs	Si se debe instalar Node.js, las opciones son `package` y `nodeenv`	nodeenv
virtualenv_command	Comando para crear virtualenv cuando se usa el método nodeenv	/usr/bin/python3 -m virtualenv
nodejs_version	Versión de Node.js a instalar si se usa el método nodeenv	"16.14.0"
virtualenv	Ruta de virtualenv donde se instalarán nodeenv/Node.js/npm	/home/galaxy/galaxy/gie-proxy/venv
setup_service	Si se debe configurar el proxy como un servicio, la única opción es systemd	systemd
sessions_path	Ruta del mapa de sesiones de Herramientas Interactivas	"{{ galaxy_mutable_data_dir }}/interactivetools_map.sqlite"
gie_proxy_port	Puerto en el que el gie-proxy está escuchando	8000

Variable	Descripción	Predeterminado
laniakea_galaxy_user	Nombre del usuario que ejecuta Galaxy	galaxy
galaxy_install_path	Directorio base de Galaxy	/home/galaxy/galaxy
laniakea_galaxy_server_dir	Directorio del servidor Galaxy	"{{ galaxy_install_path }}/server"
laniakea_galaxy_config_dir	Directorio de configuración de Galaxy	"{{ galaxy_install_path }}/config"
laniakea_galaxy_config_file	Ruta del archivo de configuración galaxy.yml	"{{ laniakea_galaxy_config_dir }}/galaxy.yml"
galaxy_mutable_data_dir	Directorio var de Galaxy	/home/galaxy/galaxy/var
galaxy_tool_conf_interactive_path	Ruta al archivo tool_conf_interactive.xml	"{{ laniakea_galaxy_config_dir }}/tool_conf_interactive.xml"
export_dir	Directorio de exportación donde se almacenan datos e imágenes de Docker	/export
interactive_tools_galaxy_config.galaxy	Lista de pares clave-valor añadidos en galaxy.yml	//
galaxy_config_templates	Lista que contiene src y dest para plantillas de configuración de Galaxy	//

Estas son las variables almacenadas en la variable interactive_tools_galaxy_config.galaxy, como se indica en el archivo de configuración galaxy.yml

Variable	Descripción	Predeterminado
job_config_file	Ruta al archivo job_conf.xml	"{{ laniakea_galaxy_config_dir }}/job_conf.xml"
interactivetools_enable	Habilita herramientas interactivas	true
interactivetools_map	Ruta al mapa de sesiones de herramientas interactivas	"{{ gie_proxy.sessions_path }}"
galaxy_infrastructure_url	URL de infraestructura de Galaxy	"http://{{ inventory_hostname }}/galaxy/"

Variable	Descripción	Predeterminado
nginx_conf_dir	Ruta de los archivos de configuración para nginx	/etc/nginx

Variable	Descripción	Predeterminado
pulsar_config_path	Ruta al archivo de configuración de pulsar	"{{ laniakea_galaxy_config_dir }}/pulsar_app.yml"
galaxy_job_working_dir	Ruta al directorio de trabajo de Galaxy	"{{ export_dir }}/galaxy/database/job_working_directory"
galaxy_tool_dependency_dir	Directorio de tool_deps de Galaxy	"{{ export_dir }}/tool_deps"

Variable	Descripción	Predeterminado
interactive_tools	Lista de herramientas interactivas instaladas	'bam_iobio','jupyter_notebook','rstudio','vcf_iobio'
interactive_dir	Directorio de configuración de herramientas interactivas	"{{ laniakea_galaxy_server_dir }}/tools/interactive"
interactivetool_manager_file	Ruta del gestor interactivetool.py	"{{ laniakea_galaxy_server_dir }}/lib/galaxy/managers/interactivetool.py"
rstudio_interactive_file	Ruta de interactivetool_rstudio.xml	"{{ interactive_dir }}/interactivetool_rstudio.xml"
jupyter_interactive_file	Ruta de interactivetool_jupyter_notebook.xml	"{{ interactive_dir }}/interactivetool_jupyter_notebook.xml"
pulsar_kill_util_file	Ruta del gestor pulsar kill.py	"{{ galaxy_install_path }}/venv/lib/python3.6/site-packages/pulsar/managers/util/kill.py"

Roles requeridos:

---
- name: Herramientas Interactivas de Galaxy
  hosts: all
  roles:
    - role: "/path/to/ansible-role-interactive-tools/"
      become: true

Acerca del proyecto

Instalar

ansible-galaxy install laniakea.galaxy_interactive_tools

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Licencia

Unknown

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