galaxyproject.cloudman-galaxy-setup

Esta función se utiliza para configurar Galaxy para su uso con CloudMan.

Requisitos

No hay requisitos explícitos, pero está pensada para usarse en el contexto del playbook de CloudMan. También consulta el rol de herramientas de Galaxy, ya que es útil ejecutarlo después de este rol.

Variables

Variables opcionales

Ten en cuenta que algunas de estas variables deben coincidir con otras de igual nombre en el playbook de CloudMan.

• galaxyFS_base_dir: (predeterminado: /mnt/galaxy) la ruta base donde se planea ubicar el sistema de archivos de Galaxy
• galaxy_user_name: (predeterminado: galaxy) nombre de usuario del sistema utilizado para Galaxy
• galaxy_server_dir: (predeterminado: /mnt/galaxy/galaxy-app) La ubicación por defecto donde se guarda la aplicación Galaxy
• galaxy_venv_dir: (predeterminado: {{ galaxy_server_dir }}/.venv) La ubicación del entorno virtual utilizado por Galaxy
• galaxy_config_file: (predeterminado: {{ galaxy_server_dir }}/config/galaxy.ini) La ubicación del archivo principal de configuración de Galaxy
• cmg_setup_files: Una lista de archivos que se copiarán desde este rol al árbol de fuentes de Galaxy. Consulta defaults/main.yml para ver los predeterminados.
• cmg_extra_files: Proporciona un gancho para copiar una lista de archivos adicionales definidos por el usuario en el árbol de fuentes de Galaxy. El valor predeterminado es una lista vacía, pero debe estar en un formato similar al de cmg_setup_files.

Variables de control de flujo

Usa las siguientes variables de control de flujo para decidir qué partes del rol te gustaría ejecutar:

• cm_setup_galaxy: (predeterminado: yes) determina si ejecutar el paso de configuración de Galaxy

Dependencias

Ninguna.

Ejemplo de Playbook

Para usar este rol, envuélvelo en un archivo de playbook llamado playbook.yml como se muestra a continuación (esto asume que el rol se ha colocado en el directorio roles/galaxyprojectdotorg.cloudman-galaxy-setup):

- hosts: galaxyFS-builder
  become: yes
  roles:
    - role: galaxyprojectdotorg.cloudman-galaxy-setup
      become_user: "{{ galaxy_user_name }}"

A continuación, crea un archivo hosts:

[galaxyFS-builder]
130.56.250.204 ansible_ssh_private_key_file=key.pem ansible_ssh_user=ubuntu

Finalmente, ejecuta el playbook como se indica a continuación:

$ ansible-playbook playbook.yml -i hosts