galaxyproject.miniconda

Descripción general Versiones Perspectivas

galaxyproject.miniconda

Un rol de Ansible para instalar y gestionar la instalación de Miniconda. Además, el rol puede gestionar la creación de un entorno Conda que se puede usar para crear un venv para Galaxy.

Requisitos

Se requiere una versión de Linux o macOS compatible con Conda.

Variables del rol

Consulta defaults/main.yml para una lista completa.

La única variable requerida es miniconda_prefix, que es la raíz de la instalación de Conda.

Para crear entornos conda arbitrarios, usa la variable miniconda_conda_environments como se muestra en los valores predeterminados o en el ejemplo a continuación. El rol también ejecutará conda install para actualizar estos entornos si cambias su lista de paquetes o versiones de paquetes.

Para crear un entorno llamado _galaxy_ para crear un venv para Galaxy, establece galaxy_conda_create_env en true. Luego puedes usar {{ miniconda_prefix }}/envs/_galaxy_/bin/virtualenv como el valor para galaxy_virtualenv_command en galaxyproject.galaxy. Esto es especialmente útil si necesitas una copia multiplataforma de Python y el venv de Galaxy que se despliegue en un sistema de archivos compartido entre un servidor y un clúster de Galaxy que pueden no tener distribuciones y versiones de SO coincidentes.

Dependencias

Ninguna

Ejemplo de Playbook

- hosts: localhost
  vars:
    miniconda_prefix: /conda
    miniconda_conda_environments:
      [email protected]:
        channels:  # opcional, por defecto se usa miniconda_channels
          - conda-forge
          - defaults
        packages:
          - python=3.9
  connection: local
  roles:
    - galaxyproject.miniconda