indigo-dc.disvis-powerfit

Descripción general Versiones Perspectivas

Rol y Dockerfile para la aplicación disvis y powerfit

Roles y Dockerfiles para instalar la aplicación disvis o powerfit:

La aplicación se puede elegir a partir de una variable de rol.

Introducción

El repositorio contiene roles de Ansible que están publicados en ansible galaxy: https://galaxy.ansible.com/indigo-dc/disvis-powerfit/

Los directorios docker-disvis y docker-powerfit están vinculados a dockerhub con construcción automática de estas 2 imágenes. Estas imágenes pueden ejecutar disvis o powerfit ya sea en CPU o en GPU, la versión del controlador NVIDIA se muestra a continuación en la variable predeterminada del rol de Ansible nvidia_driver_version

Requisitos

El rol LIP-Computing.ansible-role-nvidia debe ser ejecutado primero para instalar el controlador NVIDIA y está alojado en el repositorio:

https://github.com/LIP-Computing/ansible-role-nvidia

Consulta el README para instalar y ejecutar el rol.

Variables del Rol

Las variables que se pueden pasar a este rol y una breve descripción sobre ellas son las siguientes.

Aplicación Haddocking: disvis o powerfit
- haddock_app: Predeterminado = disvis
URL con encabezados de opencl
- opencl_url: Predeterminado = http://www.lip.pt/~david/cl_include.tgz

Instalar el Playbook

Para instalar el rol:

$ ansible-galaxy install indigo-dc.disvis-powerfit

Ejecutar el playbook

Un ejemplo de playbook para disvis:

---
- hosts: localhost
  roles:
    - { role: indigo-dc.disvis-powerfit, haddock_app: disvis }

O ejecuta:

$ ansible-playbook /etc/ansible/roles/indigo-dc.disvis-powerfit/tests/disvis.yml

Un ejemplo de playbook para powerfit:

---
- hosts: localhost
  roles:
    - { role: indigo-dc.disvis-powerfit, haddock_app: powerfit }

O ejecuta:

$ ansible-playbook /etc/ansible/roles/indigo-dc.disvis-powerfit/tests/powerfit.yml

Ejecutar la aplicación disvis

El ejemplo ejecuta disvis en la CPU con 2 hilos:

$ cd /home
$ mkdir out
$ export LD_LIBRARY_PATH=/usr/lib/x86_64-linux-gnu:/usr/local/lib64
$ export EX_DIR=/usr/local/disvis/test-cases/PRE5-PUP2-complex
$ disvis ${EX_DIR}/O14250.pdb ${EX_DIR}/Q9UT97.pdb ${EX_DIR}/restraints.dat -p 2 -a 20.0 -vs 2 -d /home/out

Para ejecutar en la GPU:

$ cd /home
$ mkdir out
$ export LD_LIBRARY_PATH=/usr/lib/x86_64-linux-gnu:/usr/local/lib64
$ export EX_DIR=/usr/local/disvis/test-cases/PRE5-PUP2-complex
$ disvis ${EX_DIR}/O14250.pdb ${EX_DIR}/Q9UT97.pdb ${EX_DIR}/restraints.dat -g -a 20.0 -vs 2 -d /home/out