indigo-dc.galaxycloud_docker

Este rol ha sido desarrollado para ser utilizado en el proyecto Laniakea, con el objetivo de ejecutar los contenedores oficiales de Galaxy Docker y sus variantes en una máquina virtual Centos7 (o Ubuntu 16.04), creando un usuario administrador de Galaxy y montando un sistema de archivos específico de CernVM.

Personalización de Galaxy

• Creación del usuario administrador
• Personalización de la marca de Galaxy
• Inicio de sesión anónimo desactivado
• Permitir la creación de usuarios
• Permitir la suplantación de usuarios
• Personalización de CVMFS (predeterminado: data.galaxyproject.org)

Requisitos

Este rol de ansible es compatible con CentOS 7 y Ubuntu 16.04 Xenial.

Versión mínima de ansible: 2.1.2.0

Variables del rol

Variables principales

galaxy_instance_description: establece la marca de Galaxy, predeterminado = "ELIXIR-IT"

export_dir: directorio que aloja los archivos de la base de datos de Galaxy y las imágenes de docker, predeterminado ="/export"

galaxy_flavor: "<owner>/<docker>:<docker_flag>", establece el contenedor de Galaxy Docker, predeterminado = "bgruening/galaxy-stable:18.05"

tool_data_table_conf: ruta predeterminada al archivo tool_data_table_conf.xml = '/etc/galaxy/tool_data_table_conf.xml'

Creación del usuario administrador de Galaxy

GALAXY_ADMIN_PASSWORD: contraseña del administrador de Galaxy.

GALAXY_ADMIN_API_KEY: clave API del administrador de Galaxy.

GALAXY_ADMIN_EMAIL: correo electrónico del administrador de Galaxy.

Variable del rol de CVMFS de Galaxy

refdata_cvmfs_repository_name: nombre del repositorio de CVMFS que se montará en el contenedor de Docker, predeterminado = "elixir-italy.covacs.refdata"

server_url: dirección IP o URL del servidor STRATUM 0 o STRATUM 1, predeterminado = "90.147.75.251"

cvmfs_server_url: "http://{{ server_url }}/cvmfs/{{ refdata_cvmfs_repository_name }}"

cvmfs_public_key_path: URL de la clave a descargar, predeterminado = "/etc/cvmfs/keys"

cvmfs_public_key: "{{ refdata_cvmfs_repository_name }}.pub"

proxy_url: servidor proxy o DIRECTO, predeterminado = DIRECTO

proxy_port: 80

cvmfs_http_proxy: "http://{{ proxy_url }}:{{ proxy_port }}"

cvmfs_mountpoint: punto de montaje de Docker para el servidor de CVMFS, predeterminado = "/cvmfs"

Plantillas del rol

default.local.j2: archivo de configuración para el repositorio de CVMFS que se montará en el Galaxy Docker.

mygalaxyenv.j2: archivo de entorno con las variables necesarias para configurar el Galaxy Docker.

Dependencias

indigo-dc.docker : instala el motor de Docker y almacena las imágenes de docker dentro del volumen externo (/export).

Ejemplo de Playbook

- name: playbook mínimo
  hosts: localhost
  roles:
    - { role: galaxycloud_docker }
  vars:
    GALAXY_ADMIN_EMAIL: "<tu@correo>"

Licencia

Licencia Apache v2

http://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0

Referencia

Galaxy docker: https://github.com/bgruening/docker-galaxy-stable

Documentación del proyecto Laniakea: https://laniakea.readthedocs.io/en/latest/

Documentación oficial de cvmfs: http://cvmfs.readthedocs.io/en/stable/cpt-repo.html