Galaxie Laniakea

Rôle Ansible pour installer Galaxy 23.0 en utilisant des rôles développés par la communauté Galaxy.

Exigences

Rôles requis :

• src: galaxyproject.galaxy version: 0.10.14
• src: galaxyproject.nginx version: 0.7.1
• src: galaxyproject.postgresql version: 1.1.2
• src: galaxyproject.postgresql_objects version: 1.2.0
• src: geerlingguy.pip version: 2.0.0
• src: galaxyproject.miniconda version: 0.3.1
• src: usegalaxy_eu.certbot version: 0.1.11
• src: galaxyproject.tusd version: 0.0.1
• src: galaxyproject.cvmfs version: 0.2.14

Version d'Ansible

testé avec : Ansible 4.10.0 et Ansible core 2.11.12

Tâches

main.yml inclut tous les sous-rôles nécessaires

pre_tasks.yml appelle un ensemble de pré-tâches spécifiques au système d'exploitation : pour CentOS7 ou RockyLinux9

Variables

• Variables Laniakea : vars/main.yml
• Variables par défaut (Admin, chemins) : defaults/mail.yml
• Variables spécifiques au rôle se trouvent dans les fichiers de tâches :
  • PostgreSQL : tasks/postgresql_objects.yml
  • NGINX : tasks/nginx.yml
  • Galaxy : tasks/install_galaxy_role_vars.yml
  • TUSD : tasks/tusd.yml et partiellement dans tasks/install_galaxy_role_vars.yml

Exécution de Test Local

# sur une VM vierge
# installer les exigences
sudo yum install -y git pip vim
pip install ansible==4.10.0 ansible-core==2.11.12
# cloner le dépôt
git clone <repo_path>
# copier le playbook de test
cp ansible-role-laniakea-galaxy/tests/test.yml test.yml
# mettre à jour le nom d'hôte et l'utilisateur ansible
vim inventory
ansible-galaxy install -r ansible-role-laniakea-galaxy/requirements.yml
cd ../
# exécuter le playbook
ansible-playbook -i ansible-role-laniakea-galaxy/inventory test.yml

Logs :

• <galaxy_install_path>/var/gravity/log/ (avec les chemins par défaut /home/galaxy/galaxy/var/gravity/log/) - Fichiers de log Gravity :
  • gunicorns
  • handlers
  • celery
  • tusd
  • outils interactifs (si activés)
• sudo journalctl -u galaxy tous les logs de Galaxy (proviennent du superviseur, situés à /home/galaxy/galaxy/var/gravity/supervisor/supervisord.log)

Exemple de Playbook

 ---

 - hosts: galaxyservers
   become: true
   vars:
     GALAXY_ADMIN_USERNAME: ""
     GALAXY_ADMIN_PASSWORD: ""
     GALAXY_ADMIN_API_KEY: ""
     GALAXY_ADMIN_EMAIL: ""
   roles:
     - ansible-role-laniakea-galaxy

Licence

Licence Apache v2

http://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0

Informations sur l'Auteur

Pietro Mandreoli email : pietro.mandreoli@unimi.it
Polina Khmelevskaia : khmelevskayapv@gmail.com