laniakea.galaxy_interactive_tools

Outils interactifs Laniakea

Ce rôle est utilisé pour configurer les Outils interactifs sur Galaxy. Actuellement, il a été testé sur Galaxy 21.09.

Variable	Description	Par défaut
gie_proxy	Liste contenant des variables utilisées par le rôle usegalaxy-eu.gie_proxy	//
dir	Répertoire où gie-proxy est installé	/home/galaxy/galaxy/gie-proxy/proxy
git_version	Référence Git à cloner	main
setup_nodejs	Indique s'il faut installer Node.js, les options sont `package` et `nodeenv`	nodeenv
virtualenv_command	Commande pour créer un environnement virtuel lors de l'utilisation de la méthode nodeenv	/usr/bin/python3 -m virtualenv
nodejs_version	Version de Node.js à installer si on utilise la méthode nodeenv	"16.14.0"
virtualenv	Chemin de l'environnement virtuel dans lequel nodeenv/Node.js/npm sera installé	/home/galaxy/galaxy/gie-proxy/venv
setup_service	Indique s'il faut configurer le proxy en tant que service, l'option est systemd	systemd
sessions_path	Chemin de la carte des sessions des Outils interactifs	"{{ galaxy_mutable_data_dir }}/interactivetools_map.sqlite"
gie_proxy_port	Port sur lequel gie-proxy écoute	8000

Variable	Description	Par défaut
laniakea_galaxy_user	Nom de l'utilisateur exécutant galaxy	galaxy
galaxy_install_path	Répertoire de base de Galaxy	/home/galaxy/galaxy
laniakea_galaxy_server_dir	Répertoire du serveur Galaxy	"{{ galaxy_install_path }}/server"
laniakea_galaxy_config_dir	Répertoire de configuration de Galaxy	"{{ galaxy_install_path }}/config"
laniakea_galaxy_config_file	Chemin du fichier de configuration galaxy.yml	"{{ laniakea_galaxy_config_dir }}/galaxy.yml"
galaxy_mutable_data_dir	Répertoire variable de Galaxy	/home/galaxy/galaxy/var
galaxy_tool_conf_interactive_path	Chemin vers le fichier tool_conf_interactive.xml	"{{ laniakea_galaxy_config_dir }}/tool_conf_interactive.xml"
export_dir	Répertoire d'exportation où les données et les images Docker sont stockées	/export
interactive_tools_galaxy_config.galaxy	Liste de paires clé, valeur ajoutées dans galaxy.yml	//
galaxy_config_templates	Liste contenant src et dest pour les modèles de configuration de Galaxy	//

Ce sont les variables stockées dans la variable interactive_tools_galaxy_config.galaxy, comme écrit dans le fichier de configuration galaxy.yml

Variable	Description	Par défaut
job_config_file	Chemin vers job_conf.xml	"{{ laniakea_galaxy_config_dir }}/job_conf.xml"
interactivetools_enable	Active les outils interactifs	true
interactivetools_map	Chemin vers la carte des sessions des outils interactifs	"{{ gie_proxy.sessions_path }}"
galaxy_infrastructure_url	URL de l'infrastructure Galaxy	"http://{{ inventory_hostname }}/galaxy/"

Variable	Description	Par défaut
nginx_conf_dir	Chemin des fichiers de configuration pour nginx	/etc/nginx

Variable	Description	Par défaut
pulsar_config_path	Chemin vers le fichier de configuration pulsar	"{{ laniakea_galaxy_config_dir }}/pulsar_app.yml"
galaxy_job_working_dir	Chemin vers le répertoire de travail des tâches Galaxy	"{{ export_dir }}/galaxy/database/job_working_directory"
galaxy_tool_dependency_dir	Répertoire tool_deps de Galaxy	"{{ export_dir }}/tool_deps"

Variable	Description	Par défaut
interactive_tools	Liste des outils interactifs installés	'bam_iobio','jupyter_notebook','rstudio','vcf_iobio'
interactive_dir	Répertoire de configuration des outils interactifs	"{{ laniakea_galaxy_server_dir }}/tools/interactive"
interactivetool_manager_file	Chemin vers le manager Interactivetool.py	"{{ laniakea_galaxy_server_dir }}/lib/galaxy/managers/interactivetool.py"
rstudio_interactive_file	Chemin vers interactivetool_rstudio.xml	"{{ interactive_dir }}/interactivetool_rstudio.xml"
jupyter_interactive_file	Chemin vers interactivetool_jupyter_notebook.xml	"{{ interactive_dir }}/interactivetool_jupyter_notebook.xml"
pulsar_kill_util_file	Chemin vers le manager kill.py de pulsar	"{{ galaxy_install_path }}/venv/lib/python3.6/site-packages/pulsar/managers/util/kill.py"

Rôles requis :

---
- name: Outils interactifs Galaxy
  hosts: all
  roles:
    - role: "/path/to/ansible-role-interactive-tools/"
      become: true

À propos du projet

Installer

ansible-galaxy install laniakea.galaxy_interactive_tools

GitHub référentiel

Licence

Unknown

Téléchargements

509

Propriétaire