galaxyproject.miniconda

Un rôle Ansible pour installer et gérer l'installation de Miniconda. De plus, ce rôle peut gérer la création d'un environnement Conda qui peut être utilisé pour créer un venv pour Galaxy.

Exigences

Une version de Linux ou macOS compatible avec Conda est requise.

Variables de rôle

Voir defaults/main.yml pour une liste complète.

La seule variable requise est miniconda_prefix, qui est le chemin racine de l'installation de Conda.

Pour créer des environnements conda arbitraires, utilisez la variable miniconda_conda_environments comme montré dans les paramètres par défaut ou dans l'exemple ci-dessous. Le rôle exécutera également conda install pour mettre à jour ces environnements si vous modifiez leur liste de paquets ou de versions de paquets.

Pour créer un environnement nommé _galaxy_ pour créer un venv pour Galaxy, définissez galaxy_conda_create_env à true. Vous pouvez alors utiliser {{ miniconda_prefix }}/envs/_galaxy_/bin/virtualenv comme valeur pour galaxy_virtualenv_command dans galaxyproject.galaxy. Cela est particulièrement utile si vous avez besoin d'une copie multiplateforme de Python et d'un venv de Galaxy à déployer sur un système de fichiers partagé entre un serveur Galaxy et un cluster qui peuvent ne pas avoir les mêmes distributions et versions d'OS.

Dépendances

Aucune

Exemple de Playbook

- hosts: localhost
  vars:
    miniconda_prefix: /conda
    miniconda_conda_environments:
      [email protected]:
        channels:  # optionnel, par défaut à miniconda_channels
          - conda-forge
          - defaults
        packages:
          - python=3.9
  connection: local
  roles:
     - galaxyproject.miniconda