indigo-dc.disvis-powerfit

Rôle et Dockerfile pour l'application disvis et powerfit

Rôles et Dockerfiles pour installer l'application disvis ou powerfit :

L'application peut être choisie à partir d'une variable de rôle.

Introduction

Le repository contient des rôles Ansible qui sont publiés dans ansible galaxy : https://galaxy.ansible.com/indigo-dc/disvis-powerfit/

Les répertoires docker-disvis et docker-powerfit sont liés à dockerhub avec une construction automatique de ces deux images. Ces images peuvent exécuter disvis ou powerfit sur CPU ou GPU ; la version du pilote NVIDIA est indiquée ci-dessous dans la variable par défaut du rôle Ansible nvidia_driver_version

Exigences

Le rôle LIP-Computing.ansible-role-nvidia doit être exécuté au préalable pour installer le pilote NVIDIA et est hébergé dans le repository :

https://github.com/LIP-Computing/ansible-role-nvidia

Consultez le README pour installer et exécuter le rôle

Variables de rôle

Les variables qui peuvent être transmises à ce rôle et une brève description à leur sujet sont les suivantes.

Application Haddocking : disvis ou powerfit
- haddock_app : Par défaut = disvis
URL avec les en-têtes opencl
- opencl_url : Par défaut = http://www.lip.pt/~david/cl_include.tgz

Installer le Playbook

Pour installer le rôle :

$ ansible-galaxy install indigo-dc.disvis-powerfit

Exécuter le playbook

Un exemple de playbook pour disvis :

---
- hosts: localhost
  roles:
    - { role: indigo-dc.disvis-powerfit, haddock_app: disvis }

Ou exécutez :

$ ansible-playbook /etc/ansible/roles/indigo-dc.disvis-powerfit/tests/disvis.yml

Un exemple de playbook pour powerfit :

---
- hosts: localhost
  roles:
    - { role: indigo-dc.disvis-powerfit, haddock_app: powerfit }

Ou exécutez :

$ ansible-playbook /etc/ansible/roles/indigo-dc.disvis-powerfit/tests/powerfit.yml

Exécuter l'application disvis

L'exemple exécute disvis sur le CPU avec 2 threads :

$ cd /home
$ mkdir out
$ export LD_LIBRARY_PATH=/usr/lib/x86_64-linux-gnu:/usr/local/lib64
$ export EX_DIR=/usr/local/disvis/test-cases/PRE5-PUP2-complex
$ disvis ${EX_DIR}/O14250.pdb ${EX_DIR}/Q9UT97.pdb ${EX_DIR}/restraints.dat -p 2 -a 20.0 -vs 2 -d /home/out

Pour exécuter sur le GPU :

$ cd /home
$ mkdir out
$ export LD_LIBRARY_PATH=/usr/lib/x86_64-linux-gnu:/usr/local/lib64
$ export EX_DIR=/usr/local/disvis/test-cases/PRE5-PUP2-complex
$ disvis ${EX_DIR}/O14250.pdb ${EX_DIR}/Q9UT97.pdb ${EX_DIR}/restraints.dat -g -a 20.0 -vs 2 -d /home/out