OMERO Server

Installe et configure OMERO.server.

Avertissement : Ne prend en charge que Python 3. Voir CHANGES.md pour plus de détails.

Dépendances

Un serveur PostgreSQL est requis.

Variables de rôle

Toutes les variables sont facultatives, voir defaults/main.yml pour la liste complète

Version de OMERO.server.

• omero_server_release: La version OMERO, par exemple 5.6.0. La valeur par défaut est present, ce qui installera le dernier serveur si aucun serveur n'est installé, mais ne modifiera pas un serveur existant. Utilisez latest pour mettre à jour automatiquement lorsqu'une nouvelle version est publiée.

Paramètres de connexion à la base de données et initialisation.

• omero_server_dbhost: Hôte de la base de données
• omero_server_dbuser: Utilisateur de la base de données
• omero_server_dbname: Nom de la base de données
• omero_server_dbpassword: Mot de passe de la base de données
• omero_server_rootpassword: Mot de passe root OMERO, par défaut omero. Ceci n'est utilisé que lors de l'initialisation d'une nouvelle base de données.

Configuration de OMERO.server.

• omero_server_config_set: Un dictionnaire de config-key: value qui sera utilisé pour la configuration initiale de OMERO.server, valeur par défaut vide. value peut être une chaîne ou un objet (liste, dictionnaire) qui sera automatiquement converti en JSON entre guillemets. Notez que la configuration peut également être effectuée avant/après l'installation en utilisant le répertoire de style conf.d server/config.

Utilisateur système OMERO, groupe, permissions et répertoire de données. Vous devrez peut-être changer cela pour des importations sur place.

• omero_server_system_user: Utilisateur système OMERO.server, par défaut omero-server.
• omero_server_system_user_manage: Créer ou mettre à jour l'utilisateur système OMERO.server si nécessaire, par défaut True.
• omero_server_system_uid: ID utilisateur système OMERO (par défaut automatique)
• omero_server_system_umask: Umask de l'utilisateur système OMERO, pourrait devoir être changé pour des importations sur place
• omero_server_system_managedrepo_group: Groupe système OMERO pour le ManagedRepository
• omero_server_datadir_mode: Permissions pour les répertoires de données OMERO à l'exception du ManagedRepository
• omero_server_datadir_managedrepo_mode: Permissions pour le ManagedRepository OMERO
• omero_server_datadir: Répertoire de données OMERO, par défaut /OMERO
• omero_server_datadir_managedrepo: Répertoire ManagedRepository OMERO
• omero_server_selfsigned_certificates: Générer des certificats auto-signés au lieu d'utiliser des chiffrements anonymes, par défaut True, utiliser ceci si votre système ne prend pas en charge les chiffrements non sécurisés.

Configuration systemd de OMERO.server.

• omero_server_systemd_setup: Créer et démarrer le service systemd omero-server, par défaut True
• omero_server_systemd_limit_nofile: Limite systemd pour le nombre de fichiers ouverts (par défaut ignorer)
• omero_server_systemd_after: Une liste de chaînes avec des noms de services supplémentaires à apparaître dans les déclarations "After" du fichier unitaire systemd. Par défaut vide/aucun.
• omero_server_systemd_requires: Une liste de chaînes avec des noms de services supplémentaires à apparaître dans les déclarations "Requires" du fichier unitaire systemd. Par défaut vide/aucun.
• omero_server_systemd_environment: Dictionnaire de variables d'environnement supplémentaires.

Python virtualenv

• omero_server_python_addons: Liste de paquets Python supplémentaires à installer dans virtualenv. Alternativement, vous pouvez installer des paquets dans /opt/omero/server/venv3 indépendamment de ce rôle.

Sauvegardes

• omero_server_database_backupdir: Sauvegarder la base de données OMERO dans ce répertoire avant la mise à niveau, par défaut vide (désactivé).

Configurer OMERO.server

Ce rôle régénère le fichier de configuration OMERO en utilisant les fichiers de configuration et le script d'aide dans /opt/omero/server/config. omero_server_config_set peut être utilisé pour des configurations simples, pour quelque chose de plus complexe, envisagez de créer un ou plusieurs fichiers de configuration sous : /opt/omero/server/config/ avec l'extension .omero.

Les changements de configuration manuels (omero config ...) seront perdus après un redémarrage de omero-server avec systemd, vous pouvez désactiver cela en définissant omero_server_always_reset_config: false. Les changements de configuration manuels ne seront jamais copiés lors d'une mise à niveau.

Consultez https://github.com/ome/design/issues/70 pour une proposition visant à ajouter directement une prise en charge d'un répertoire de style conf.d dans OMERO.

Exemples de Playbooks

# Installer la dernière version, y compris PostgreSQL sur le même serveur
- hosts: localhost
  roles:

  - role: ome.postgresql
    postgresql_version: "13"
    postgresql_databases:
      - name: omero
        owner: omero
    postgresql_users:
      - user: omero
        password: omero
        databases: [omero]

  - role: ome.omero_server


# Installer ou mettre à niveau vers une version particulière, avec une base de données externe
- hosts: localhost
  roles:
  - ome.omero_server
    omero_server_release: 5.6.0
    omero_server_dbhost: postgres.example.org
    omero_server_dbuser: db_user
    omero_server_dbname: db_name
    omero_server_dbpassword: db_password
    # Version requise pour le client psql
    postgresql_version: "13"

Informations sur l'auteur

ome-devel@lists.openmicroscopy.org.uk