indigo-dc.galaxycloud_docker

Ce rôle a été développé pour être utilisé dans le projet Laniakea afin de faire fonctionner les conteneurs officiels Galaxy Docker et ses variantes sur une machine virtuelle CentOS 7 (ou Ubuntu 16.04), créant un utilisateur administrateur de Galaxy et montant un système de fichiers CernVM spécifique.

Personnalisation de Galaxy

• Création de l'utilisateur administrateur
• Personnalisation de la marque Galaxy
• Connexion anonyme désactivée
• Autoriser la création d'utilisateurs
• Autoriser l'usurpation d'identité d'utilisateur
• Personnalisation de CVMFS (par défaut : data.galaxyproject.org)

Exigences

Ce rôle Ansible prend en charge CentOS 7 et Ubuntu 16.04 Xenial.

Version minimale d'Ansible : 2.1.2.0

Variables du rôle

Variables principales

galaxy_instance_description : définir la marque de Galaxy, par défaut = "ELIXIR-IT"

export_dir : répertoire hébergeant les fichiers de base de données Galaxy et les images Docker, par défaut = "/export"

galaxy_flavor : "<owner>/<docker>:<docker_flag>", définir le conteneur Galaxy Docker, par défaut = "bgruening/galaxy-stable:18.05"

tool_data_table_conf : chemin par défaut vers le fichier tool_data_table_conf.xml = '/etc/galaxy/tool_data_table_conf.xml'

Création de l'utilisateur administrateur Galaxy

GALAXY_ADMIN_PASSWORD : mot de passe de l'administrateur Galaxy.

GALAXY_ADMIN_API_KEY : clé API de l'administrateur Galaxy.

GALAXY_ADMIN_EMAIL : email de l'administrateur Galaxy.

Variable de rôle Galaxy CVMFS

refdata_cvmfs_repository_name : nom du dépôt CVMFS à monter sur le conteneur Docker, par défaut = "elixir-italy.covacs.refdata"

server_url : adresse IP ou URL du serveur STRATUM 0 ou STRATUM 1, par défaut = "90.147.75.251"

cvmfs_server_url : "http://{{ server_url }}/cvmfs/{{ refdata_cvmfs_repository_name }}"

cvmfs_public_key_path : URL de la clé à télécharger, par défaut = "/etc/cvmfs/keys"

cvmfs_public_key : "{{ refdata_cvmfs_repository_name }}.pub"

proxy_url : serveur proxy ou DIRECT, par défaut = DIRECT

proxy_port : 80

cvmfs_http_proxy : "http://{{ proxy_url }}:{{ proxy_port }}"

cvmfs_mountpoint : point de montage Docker pour le serveur CVMFS, par défaut = "/cvmfs"

Modèles de rôle

default.local.j2 : fichier de configuration pour le dépôt CVMFS qui sera monté sur le Galaxy Docker.

mygalaxyenv.j2 : fichier env avec les variables d'environnement nécessaires pour configurer le Galaxy Docker.

Dépendances

indigo-dc.docker : installer le moteur Docker et stocker les images Docker dans le volume externe (/export).

Exemple de Playbook

- name: playbook minimum
  hosts: localhost
  roles:
    - { role: galaxycloud_docker }
  vars:
    GALAXY_ADMIN_EMAIL: "<votre@email>"

Licence

Licence Apache v2

http://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0

Références

Galaxy docker : https://github.com/bgruening/docker-galaxy-stable

Documentation du projet Laniakea : https://laniakea.readthedocs.io/en/latest/

Documentation officielle de cvmfs : http://cvmfs.readthedocs.io/en/stable/cpt-repo.html