laniakea.galaxy_interactive_tools

Laniakea インタラクティブツール

この役割は、Galaxy 上でインタラクティブツールを構成するために使用されます。現在、Galaxy 21.09 でテストされています。

変数	説明	デフォルト
gie_proxy	usegalaxy-eu.gie_proxy 役割で使用される変数のリスト	//
dir	gie-proxy がインストールされるディレクトリ	/home/galaxy/galaxy/gie-proxy/proxy
git_version	クローンする Git リファレンス	main
setup_nodejs	Node.js をインストールするかどうか、オプションは `package` と `nodeenv`	nodeenv
virtualenv_command	nodeenv メソッドを使用して仮想環境を作成するコマンド	/usr/bin/python3 -m virtualenv
nodejs_version	nodeenv メソッドを使用する場合にインストールする Node.js のバージョン	"16.14.0"
virtualenv	nodeenv/Node.js/npm がインストールされる仮想環境のパス	/home/galaxy/galaxy/gie-proxy/venv
setup_service	プロキシをサービスとして構成するかどうか、オプションは systemd	systemd
sessions_path	インタラクティブツールのセッションマップのパス	"{{ galaxy_mutable_data_dir }}/interactivetools_map.sqlite"
gie_proxy_port	gie-proxy がリッスンしているポート	8000

変数	説明	デフォルト
laniakea_galaxy_user	Galaxy を実行しているユーザーの名前	galaxy
galaxy_install_path	Galaxy のベースディレクトリ	/home/galaxy/galaxy
laniakea_galaxy_server_dir	Galaxy サーバーディレクトリ	"{{ galaxy_install_path }}/server"
laniakea_galaxy_config_dir	Galaxy 設定ディレクトリ	"{{ galaxy_install_path }}/config"
laniakea_galaxy_config_file	galaxy.yml 設定ファイルのパス	"{{ laniakea_galaxy_config_dir }}/galaxy.yml"
galaxy_mutable_data_dir	Galaxy の可変ディレクトリ	/home/galaxy/galaxy/var
galaxy_tool_conf_interactive_path	tool_conf_interactive.xml ファイルのパス	"{{ laniakea_galaxy_config_dir }}/tool_conf_interactive.xml"
export_dir	データと Docker イメージを保存するエクスポートディレクトリ	/export
interactive_tools_galaxy_config.galaxy	galaxy.yml に追加されたキーと値のペアのリスト	//
galaxy_config_templates	Galaxy 設定テンプレートの src と dest のリスト	//

これらは、galaxy.yml 設定ファイルに記載されている interactive_tools_galaxy_config.galaxy 変数に保存されている変数です。

変数	説明	デフォルト
job_config_file	job_conf.xml のパス	"{{ laniakea_galaxy_config_dir }}/job_conf.xml"
interactivetools_enable	インタラクティブツールを有効にする	true
interactivetools_map	インタラクティブツールセッションマップのパス	"{{ gie_proxy.sessions_path }}"
galaxy_infrastructure_url	Galaxy インフラストラクチャの URL	"http://{{ inventory_hostname }}/galaxy/"

変数	説明	デフォルト
nginx_conf_dir	nginx 用の設定ファイルのパス	/etc/nginx

変数	説明	デフォルト
pulsar_config_path	pulsar 設定ファイルのパス	"{{ laniakea_galaxy_config_dir }}/pulsar_app.yml"
galaxy_job_working_dir	Galaxy ジョブ作業ディレクトリのパス	"{{ export_dir }}/galaxy/database/job_working_directory"
galaxy_tool_dependency_dir	Galaxy tool_deps ディレクトリのパス	"{{ export_dir }}/tool_deps"

変数	説明	デフォルト
interactive_tools	インストールされたインタラクティブツールのリスト	'bam_iobio','jupyter_notebook','rstudio','vcf_iobio'
interactive_dir	インタラクティブツール設定ディレクトリ	"{{ laniakea_galaxy_server_dir }}/tools/interactive"
interactivetool_manager_file	Interactivetool.py マネージャのパス	"{{ laniakea_galaxy_server_dir }}/lib/galaxy/managers/interactivetool.py"
rstudio_interactive_file	interactivetool_rstudio.xml のパス	"{{ interactive_dir }}/interactivetool_rstudio.xml"
jupyter_interactive_file	interactivetool_jupyter_notebook.xml のパス	"{{ interactive_dir }}/interactivetool_jupyter_notebook.xml"
pulsar_kill_util_file	kill.py pulsar マネージャのパス	"{{ galaxy_install_path }}/venv/lib/python3.6/site-packages/pulsar/managers/util/kill.py"

必要な役割:

---
- name: Galaxy インタラクティブツール
  hosts: all
  roles:
    - role: "/path/to/ansible-role-interactive-tools/"
      become: true

プロジェクトについて

インストール

ansible-galaxy install laniakea.galaxy_interactive_tools

GitHub リポジトリ

ライセンス

Unknown

ダウンロード

509

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