galaxyproject.miniconda

これは、Minicondaのインストールと管理を行うためのAnsibleロールです。このロールは、Galaxy用のvenvを作成するために使用できるConda環境の作成も管理できます。

要件

Condaに対応したLinuxまたはmacOSのバージョンが必要です。

ロール変数

詳細なリストについてはdefaults/main.ymlを参照してください。

必要な変数はminiconda_prefixのみで、これはCondaのインストールのルートです。

任意のConda環境を作成するには、miniconda_conda_environments変数を使用します。これはデフォルトで示されているか、以下の例を参考にしてください。このロールは、パッケージのリストやバージョンを変更した場合に、conda installを実行してこれらの環境を更新します。

Galaxy用のvenvを作成するために_galaxy_という名前の環境を作成するには、galaxy_conda_create_envをtrueに設定します。その後、galaxy_virtualenv_commandに対して{{ miniconda_prefix }}/envs/_galaxy_/bin/virtualenvを値として使用できます。これは、Galaxyサーバーとクラスター間で、一致しないOSのディストリビューションやバージョンがある共有ファイルシステム上にデプロイする必要があるPythonとGalaxyのvenvのクロスプラットフォームコピーが必要な場合に特に便利です。

依存関係

なし

サンプルプレイブック

- hosts: localhost
  vars:
    miniconda_prefix: /conda
    miniconda_conda_environments:
      [email protected]:
        channels:  # オプション、デフォルトはminiconda_channels
          - conda-forge
          - defaults
        packages:
          - python=3.9
  connection: local
  roles:
     - galaxyproject.miniconda