indigo-dc.disvis-powerfit

disvisおよびpowerfitアプリケーション用のロールとDockerfile

disvisまたはpowerfitアプリケーションをインストールするためのロールとDockerfile：

アプリケーションはロールの変数から選択できます。

はじめに

このリポジトリには、ansible galaxyで公開されているansibleロールが含まれています： https://galaxy.ansible.com/indigo-dc/disvis-powerfit/

docker-disvisおよびdocker-powerfitディレクトリは、これら2つのイメージの自動ビルドのためにdockerhubにリンクされています。これらのイメージはCPUまたはGPUでdisvisまたはpowerfitを実行できます。NVIDIAドライバーのバージョンは、ansible-roleのデフォルト変数nvidia_driver_versionに示されています。

要件

LIP-Computing.ansible-role-nvidiaロールを先に実行して、NVIDIAドライバーをインストールする必要があります。このロールは以下のリポジトリにホストされています：

https://github.com/LIP-Computing/ansible-role-nvidia

READMEを確認して、ロールのインストールと実行を行ってください。

ロール変数

このロールに渡すことができる変数とその簡単な説明は以下の通りです。

Haddockingアプリケーション：disvisまたはpowerfit
- haddock_app: デフォルト = disvis
OpenCLヘッダーのURL
- opencl_url: デフォルト = http://www.lip.pt/~david/cl_include.tgz

プレイブックをインストールする

ロールをインストールするには：

$ ansible-galaxy install indigo-dc.disvis-powerfit

プレイブックを実行する

disvis用のプレイブックの例：

---
- hosts: localhost
  roles:
    - { role: indigo-dc.disvis-powerfit, haddock_app: disvis }

または実行：

$ ansible-playbook /etc/ansible/roles/indigo-dc.disvis-powerfit/tests/disvis.yml

powerfit用のプレイブックの例：

---
- hosts: localhost
  roles:
    - { role: indigo-dc.disvis-powerfit, haddock_app: powerfit }

または実行：

$ ansible-playbook /etc/ansible/roles/indigo-dc.disvis-powerfit/tests/powerfit.yml

disvisアプリケーションを実行する

以下のコマンドで、CPU上で2スレッドのdisvisを実行します：

$ cd /home
$ mkdir out
$ export LD_LIBRARY_PATH=/usr/lib/x86_64-linux-gnu:/usr/local/lib64
$ export EX_DIR=/usr/local/disvis/test-cases/PRE5-PUP2-complex
$ disvis ${EX_DIR}/O14250.pdb ${EX_DIR}/Q9UT97.pdb ${EX_DIR}/restraints.dat -p 2 -a 20.0 -vs 2 -d /home/out

GPUで実行するには：

$ cd /home
$ mkdir out
$ export LD_LIBRARY_PATH=/usr/lib/x86_64-linux-gnu:/usr/local/lib64
$ export EX_DIR=/usr/local/disvis/test-cases/PRE5-PUP2-complex
$ disvis ${EX_DIR}/O14250.pdb ${EX_DIR}/Q9UT97.pdb ${EX_DIR}/restraints.dat -g -a 20.0 -vs 2 -d /home/out