ome.omero_server
OMEROサーバー
OMERO.serverをインストールし、設定します。
警告: Python 3のみをサポートします。
詳細はCHANGES.md
を参照してください。
依存関係
PostgreSQLサーバーが必要です。
ロール変数
すべての変数はオプションです。完全なリストについてはdefaults/main.yml
を参照してください。
OMERO.serverのバージョン。
omero_server_release
: OMEROのリリース(例:5.6.0
)。デフォルトはpresent
で、何もインストールされていない場合は最新のサーバーをインストールしますが、既存のサーバーは変更しません。latest
を使用すると、新しいバージョンがリリースされた際に自動的にアップグレードします。
データベース接続パラメータと初期化。
omero_server_dbhost
: データベースホストomero_server_dbuser
: データベースユーザーomero_server_dbname
: データベース名omero_server_dbpassword
: データベースパスワードomero_server_rootpassword
: OMEROのルートパスワード、デフォルトはomero
。新しいデータベースを初期化する際にのみ使用されます。
OMERO.serverの設定。
omero_server_config_set
: 初期OMERO.server設定に使用されるconfig-key: value
の辞書。デフォルトは空です。value
は文字列または自動的に引用符付きJSONに変換されるオブジェクト(リストまたは辞書)であることができます。 設定は、server/config
のconf.dスタイルのディレクトリを使用して、インストール前後にも行うことができます。
OMEROのシステムユーザー、グループ、権限、およびデータディレクトリ。 インポートのためにこれらを変更する必要があるかもしれません。
omero_server_system_user
: OMERO.serverシステムユーザー、デフォルトはomero-server
。omero_server_system_user_manage
: 必要に応じてOMERO.serverシステムユーザーを作成または更新する、デフォルトはTrue
。omero_server_system_uid
: OMEROシステムユーザーID(デフォルトは自動)omero_server_system_umask
: OMEROシステムユーザーのumask、インポートのために変更する必要があるかもしれません。omero_server_system_managedrepo_group
:ManagedRepository
のためのOMEROシステムグループomero_server_datadir_mode
:ManagedRepository
以外のOMEROデータディレクトリの権限omero_server_datadir_managedrepo_mode
: OMEROManagedRepository
の権限omero_server_datadir
: OMEROデータディレクトリ、デフォルトは/OMERO
omero_server_datadir_managedrepo
: OMERO ManagedRepositoryディレクトリomero_server_selfsigned_certificates
: 匿名暗号を使用するのではなく自己署名の証明書を生成する、デフォルトはTrue
。システムが安全でない暗号をサポートしていない場合に使用します。
OMERO.serverのsystemd設定。
omero_server_systemd_setup
:omero-server
systemdサービスを作成して開始する、デフォルトはTrue
omero_server_systemd_limit_nofile
: 開いているファイル数のためのsystemdの制限(デフォルトは無視)omero_server_systemd_after
: systemdユニットファイルの「After」文に表示される追加のサービス名の文字列リスト。デフォルトは空。omero_server_systemd_requires
: systemdユニットファイルの「Requires」文に表示される追加のサービス名の文字列リスト。デフォルトは空。omero_server_systemd_environment
: 追加の環境変数の辞書。
Pythonの仮想環境
omero_server_python_addons
: 仮想環境にインストールする追加のPythonパッケージのリスト。 また、独立して/opt/omero/server/venv3
にパッケージをインストールすることもできます。
バックアップ
omero_server_database_backupdir
: アップグレード前にOMEROデータベースをこのディレクトリにダンプします。デフォルトは空(無効)。
OMERO.serverの設定
このロールは、/opt/omero/server/config
にある設定ファイルとヘルパースクリプトを使用してOMEROの設定ファイルを再生成します。
omero_server_config_set
はシンプルな設定に使用され、より複雑なものには/opt/omero/server/config/
以下に.omero
拡張子のファイルを作成することを考慮してください。
手動での設定変更(omero config ...
)は、systemdでomero-server
を再起動すると失われます。これを無効にするには、omero_server_always_reset_config: false
を設定します。
手動での設定変更は、アップグレード中にコピーされることはありません。
conf.dスタイルのディレクトリをOMEROに直接追加する提案については、https://github.com/ome/design/issues/70を参照してください。
例のプレイブック
# PostgreSQLを同じサーバーにインストールし、最新のリリースをインストールする
- hosts: localhost
roles:
- role: ome.postgresql
postgresql_version: "13"
postgresql_databases:
- name: omero
owner: omero
postgresql_users:
- user: omero
password: omero
databases: [omero]
- role: ome.omero_server
# 特定のバージョンをインストールまたはアップグレードし、外部データベースを使用する
- hosts: localhost
roles:
- ome.omero_server
omero_server_release: 5.6.0
omero_server_dbhost: postgres.example.org
omero_server_dbuser: db_user
omero_server_dbname: db_name
omero_server_dbpassword: db_password
# psqlクライアントに必要なバージョン
postgresql_version: "13"
著者情報
インストール
ansible-galaxy install ome.omero_server
ライセンス
bsd-2-clause
ダウンロード
52.3k
所有者
Software and data format standards for management of microscopy image data. Joint project between international private and public research