ome.omero_server

OMEROサーバー

アクションの状態 Ansibleロール

OMERO.serverをインストールし、設定します。

警告: Python 3のみをサポートします。 詳細はCHANGES.mdを参照してください。

依存関係

PostgreSQLサーバーが必要です。

ロール変数

すべての変数はオプションです。完全なリストについてはdefaults/main.ymlを参照してください。

OMERO.serverのバージョン。

  • omero_server_release: OMEROのリリース(例: 5.6.0)。デフォルトはpresentで、何もインストールされていない場合は最新のサーバーをインストールしますが、既存のサーバーは変更しません。latestを使用すると、新しいバージョンがリリースされた際に自動的にアップグレードします。

データベース接続パラメータと初期化。

  • omero_server_dbhost: データベースホスト
  • omero_server_dbuser: データベースユーザー
  • omero_server_dbname: データベース名
  • omero_server_dbpassword: データベースパスワード
  • omero_server_rootpassword: OMEROのルートパスワード、デフォルトはomero。新しいデータベースを初期化する際にのみ使用されます。

OMERO.serverの設定。

  • omero_server_config_set: 初期OMERO.server設定に使用されるconfig-key: valueの辞書。デフォルトは空です。 valueは文字列または自動的に引用符付きJSONに変換されるオブジェクト(リストまたは辞書)であることができます。 設定は、server/configのconf.dスタイルのディレクトリを使用して、インストール前後にも行うことができます。

OMEROのシステムユーザー、グループ、権限、およびデータディレクトリ。 インポートのためにこれらを変更する必要があるかもしれません。

  • omero_server_system_user: OMERO.serverシステムユーザー、デフォルトはomero-server
  • omero_server_system_user_manage: 必要に応じてOMERO.serverシステムユーザーを作成または更新する、デフォルトはTrue
  • omero_server_system_uid: OMEROシステムユーザーID(デフォルトは自動)
  • omero_server_system_umask: OMEROシステムユーザーのumask、インポートのために変更する必要があるかもしれません。
  • omero_server_system_managedrepo_group: ManagedRepositoryのためのOMEROシステムグループ
  • omero_server_datadir_mode: ManagedRepository以外のOMEROデータディレクトリの権限
  • omero_server_datadir_managedrepo_mode: OMERO ManagedRepositoryの権限
  • omero_server_datadir: OMEROデータディレクトリ、デフォルトは/OMERO
  • omero_server_datadir_managedrepo: OMERO ManagedRepositoryディレクトリ
  • omero_server_selfsigned_certificates: 匿名暗号を使用するのではなく自己署名の証明書を生成する、デフォルトはTrue。システムが安全でない暗号をサポートしていない場合に使用します。

OMERO.serverのsystemd設定。

  • omero_server_systemd_setup: omero-server systemdサービスを作成して開始する、デフォルトはTrue
  • omero_server_systemd_limit_nofile: 開いているファイル数のためのsystemdの制限(デフォルトは無視)
  • omero_server_systemd_after: systemdユニットファイルの「After」文に表示される追加のサービス名の文字列リスト。デフォルトは空。
  • omero_server_systemd_requires: systemdユニットファイルの「Requires」文に表示される追加のサービス名の文字列リスト。デフォルトは空。
  • omero_server_systemd_environment: 追加の環境変数の辞書。

Pythonの仮想環境

  • omero_server_python_addons: 仮想環境にインストールする追加のPythonパッケージのリスト。 また、独立して/opt/omero/server/venv3にパッケージをインストールすることもできます。

バックアップ

  • omero_server_database_backupdir: アップグレード前にOMEROデータベースをこのディレクトリにダンプします。デフォルトは空(無効)。

OMERO.serverの設定

このロールは、/opt/omero/server/configにある設定ファイルとヘルパースクリプトを使用してOMEROの設定ファイルを再生成します。 omero_server_config_setはシンプルな設定に使用され、より複雑なものには/opt/omero/server/config/以下に.omero拡張子のファイルを作成することを考慮してください。

手動での設定変更(omero config ...)は、systemdでomero-serverを再起動すると失われます。これを無効にするには、omero_server_always_reset_config: falseを設定します。 手動での設定変更は、アップグレード中にコピーされることはありません。

conf.dスタイルのディレクトリをOMEROに直接追加する提案については、https://github.com/ome/design/issues/70を参照してください。

例のプレイブック

# PostgreSQLを同じサーバーにインストールし、最新のリリースをインストールする
- hosts: localhost
  roles:

  - role: ome.postgresql
    postgresql_version: "13"
    postgresql_databases:
      - name: omero
        owner: omero
    postgresql_users:
      - user: omero
        password: omero
        databases: [omero]

  - role: ome.omero_server


# 特定のバージョンをインストールまたはアップグレードし、外部データベースを使用する
- hosts: localhost
  roles:
  - ome.omero_server
    omero_server_release: 5.6.0
    omero_server_dbhost: postgres.example.org
    omero_server_dbuser: db_user
    omero_server_dbname: db_name
    omero_server_dbpassword: db_password
    # psqlクライアントに必要なバージョン
    postgresql_version: "13"

著者情報

ome-devel@lists.openmicroscopy.org.uk

プロジェクトについて

Install and configure OMERO.server, and optionally PostgreSQL

インストール
ansible-galaxy install ome.omero_server
ライセンス
bsd-2-clause
ダウンロード
52.3k
所有者
Software and data format standards for management of microscopy image data. Joint project between international private and public research