indigo-dc.galaxycloud_docker

この役割は、Laniakeaプロジェクトで使用するために開発されました。公式のGalaxy DockerコンテナをCentOS 7（またはUbuntu 16.04）仮想マシン上で実行し、Galaxy管理者ユーザーを作成し、特定のCernVMファイルシステムをマウントします。

Galaxyのカスタマイズ

• 管理者ユーザーの作成
• Galaxyブランドのカスタマイズ
• 匿名ログインを無効化
• ユーザー作成を許可
• ユーザーのなりすましを許可
• CVMFSのカスタマイズ（デフォルト: data.galaxyproject.org）

要件

このAnsibleロールはCentOS 7およびUbuntu 16.04 Xenialをサポートしています。

最低限のAnsibleバージョン: 2.1.2.0

ロール変数

主な変数

galaxy_instance_description: Galaxyブランドを設定、デフォルト = "ELIXIR-IT"

export_dir: GalaxyデータベースファイルとDockerイメージをホストするディレクトリ、デフォルト = "/export"

galaxy_flavor: "<owner>/<docker>:<docker_flag>"、Galaxy Dockerコンテナを設定、デフォルト = "bgruening/galaxy-stable:18.05"

tool_data_table_conf: tool_data_table_conf.xmlファイルへのデフォルトパス = '/etc/galaxy/tool_data_table_conf.xml'

Galaxy管理者ユーザーの作成

GALAXY_ADMIN_PASSWORD: Galaxy管理者のパスワード。

GALAXY_ADMIN_API_KEY: Galaxy管理者のAPI KEY。

GALAXY_ADMIN_EMAIL: Galaxy管理者のメールアドレス。

Galaxy CVMFSロール変数

refdata_cvmfs_repository_name: DockerコンテナにマウントするCVMFSリポジトリの名前、デフォルト = "elixir-italy.covacs.refdata"

server_url: STRATUM 0またはSTRATUM 1サーバーのIPアドレスまたはURL、デフォルト = "90.147.75.251"

cvmfs_server_url: "http://{{ server_url }}/cvmfs/{{ refdata_cvmfs_repository_name }}"

cvmfs_public_key_path: ダウンロードするキーのURL、デフォルト = "/etc/cvmfs/keys"

cvmfs_public_key: "{{ refdata_cvmfs_repository_name }}.pub"

proxy_url: プロキシサーバーまたはDIRECT、デフォルト = DIRECT

proxy_port: 80

cvmfs_http_proxy: "http://{{ proxy_url }}:{{ proxy_port }}"

cvmfs_mountpoint: CVMFSサーバーのDockerマウントポイント、デフォルト = "/cvmfs"

ロールテンプレート

default.local.j2: Galaxy DockerにマウントされるCVMFSリポジトリの設定ファイル。

mygalaxyenv.j2: Galaxy Dockerを設定するために必要な環境変数を含むenvファイル。

依存関係

indigo-dc.docker : Dockerエンジンをインストールし、外部ボリューム（/export）内にDockerイメージを保存します。

例のプレイブック

- name: 最小プレイブック
  hosts: localhost
  roles:
    - { role: galaxycloud_docker }
  vars:
    GALAXY_ADMIN_EMAIL: "<your@email>"

ライセンス

Apacheライセンスv2

http://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0

参照

Galaxy Docker: https://github.com/bgruening/docker-galaxy-stable

Laniakeaプロジェクトのドキュメント: https://laniakea.readthedocs.io/en/latest/

公式CVMFSドキュメント: http://cvmfs.readthedocs.io/en/stable/cpt-repo.html