Galaktyka Laniakea

Rola Ansible do instalacji Galaxy 23.0 przy użyciu ról opracowanych przez społeczność Galaxy.

Wymagania

Wymagane role:

• src: galaxyproject.galaxy wersja: 0.10.14
• src: galaxyproject.nginx wersja: 0.7.1
• src: galaxyproject.postgresql wersja: 1.1.2
• src: galaxyproject.postgresql_objects wersja: 1.2.0
• src: geerlingguy.pip wersja: 2.0.0
• src: galaxyproject.miniconda wersja: 0.3.1
• src: usegalaxy_eu.certbot wersja: 0.1.11
• src: galaxyproject.tusd wersja: 0.0.1
• src: galaxyproject.cvmfs wersja: 0.2.14

Wersja Ansible

testowane z: Ansible 4.10.0 z Ansible core 2.11.12

Zadania

main.yml zawiera wszystkie niezbędne podrole

pre_tasks.yml wywołuje zestaw zadań wstępnych specyficznych dla systemu operacyjnego: dla CentOS7 lub RockyLinux9

Zmienne

• Zmienne Laniakea: vars/main.yml
• Domyślne zmienne (Administrator, ścieżki): defaults/mail.yml
• Zmienne specyficzne dla roli znajdują się w plikach zadań:
  • PostgeSQL: tasks/postgresql_objects.yml
  • NGINX: tasks/nginx.yml
  • Galaxy: tasks/install_galaxy_role_vars.yml
  • TUSD: tasks/tusd.yml i częściowo w tasks/install_galaxy_role_vars.yml

Lokalna egzekucja testu

# na pustej VM
# instalacja wymagań
sudo yum install -y git pip vim
pip install ansible==4.10.0 ansible-core==2.11.12
# klonowanie repozytorium
git clone <repo_path>
# kopiowanie playbooka testowego
cp ansible-role-laniakea-galaxy/tests/test.yml test.yml
# aktualizacja nazwy hosta oraz użytkownika ansible
vim inventory
ansible-galaxy install -r ansible-role-laniakea-galaxy/requirements.yml
cd ../
# uruchamianie playbooka
ansible-playbook -i ansible-role-laniakea-galaxy/inventory test.yml

Logi:

• <galaxy_install_path>/var/gravity/log/ (z domyślnymi ścieżkami /home/galaxy/galaxy/var/gravity/log/) - Pliki logów Gravity:
  • gunicorns
  • handlers
  • celery
  • tusd
  • narzędzia interaktywne (jeśli włączone)
• sudo journalctl -u galaxy wszystkie logi Galaxy (pochodzą z supervisora, znajdują się w /home/galaxy/galaxy/var/gravity/supervisor/supervisord.log)

Przykładowy Playbook

 ---

 - hosts: galaxyservers
   become: true
   vars:
     GALAXY_ADMIN_USERNAME: ""
     GALAXY_ADMIN_PASSWORD: ""
     GALAXY_ADMIN_API_KEY: ""
     GALAXY_ADMIN_EMAIL: ""
   roles:
     - ansible-role-laniakea-galaxy

Licencja

Licencja Apache v2

http://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0

Informacje o autorze

Pietro Mandreoli email: pietro.mandreoli@unimi.it
Polina Khmelevskaia: khmelevskayapv@gmail.com