laniakea.galaxy_interactive_tools

Laniakea Narzędzia Interaktywne

Ten zestaw narzędzi służy do konfigurowania Narzędzi Interaktywnych w systemie Galaxy. Obecnie został przetestowany na Galaxy 21.09.

Zmienna	Opis	Domyślna
gie_proxy	Lista zmiennych używanych przez rolę usegalaxy-eu.gie_proxy	//
dir	Katalog, w którym zainstalowany jest gie-proxy	/home/galaxy/galaxy/gie-proxy/proxy
git_version	Odniesienie Git do sklonowania	main
setup_nodejs	Czy zainstalować Node.js, opcje to `package` i `nodeenv`	nodeenv
virtualenv_command	Komenda do stworzenia virtualenv przy użyciu metody nodeenv	/usr/bin/python3 -m virtualenv
nodejs_version	Wersja Node.js do zainstalowania, jeśli używasz metody nodeenv	"16.14.0"
virtualenv	Ścieżka do virtualenv, w którym zainstalowane będą nodeenv/Node.js/npm	/home/galaxy/galaxy/gie-proxy/venv
setup_service	Czy skonfigurować proxy jako usługę, jedyna opcja to systemd	systemd
sessions_path	Ścieżka do mapy sesji Narzędzi Interaktywnych	"{{ galaxy_mutable_data_dir }}/interactivetools_map.sqlite"
gie_proxy_port	Port, na którym nasłuchuje gie-proxy	8000

Zmienna	Opis	Domyślna
laniakea_galaxy_user	Nazwa użytkownika uruchamiającego galaxy	galaxy
galaxy_install_path	Główny katalog Galaxy	/home/galaxy/galaxy
laniakea_galaxy_server_dir	Katalog serwera Galaxy	"{{ galaxy_install_path }}/server"
laniakea_galaxy_config_dir	Katalog konfiguracyjny Galaxy	"{{ galaxy_install_path }}/config"
laniakea_galaxy_config_file	Ścieżka do pliku konfiguracyjnego galaxy.yml	"{{ laniakea_galaxy_config_dir }}/galaxy.yml"
galaxy_mutable_data_dir	Zmienny katalog danych Galaxy	/home/galaxy/galaxy/var
galaxy_tool_conf_interactive_path	Ścieżka do pliku tool_conf_interactive.xml	"{{ laniakea_galaxy_config_dir }}/tool_conf_interactive.xml"
export_dir	Katalog eksportu, w którym są przechowywane dane i obrazy dockera	/export
interactive_tools_galaxy_config.galaxy	Lista par klucz-wartość dodanych do pliku galaxy.yml	//
galaxy_config_templates	Lista zawierająca źródła i cele dla szablonów konfiguracyjnych Galaxy	//

To zmienne przechowywane w zmiennej interactive_tools_galaxy_config.galaxy, zapisane w pliku konfiguracyjnym galaxy.yml

Zmienna	Opis	Domyślna
job_config_file	Ścieżka do job_conf.xml	"{{ laniakea_galaxy_config_dir }}/job_conf.xml"
interactivetools_enable	Włącza narzędzia interaktywne	true
interactivetools_map	Ścieżka do mapy sesji narzędzi interaktywnych	"{{ gie_proxy.sessions_path }}"
galaxy_infrastructure_url	URL infrastruktury Galaxy	"http://{{ inventory_hostname }}/galaxy/"

Zmienna	Opis	Domyślna
nginx_conf_dir	Ścieżka do plików konfiguracyjnych nginx	/etc/nginx

Zmienna	Opis	Domyślna
pulsar_config_path	Ścieżka do pliku konfiguracyjnego pulsar	"{{ laniakea_galaxy_config_dir }}/pulsar_app.yml"
galaxy_job_working_dir	Ścieżka do katalogu roboczego Galaxy	"{{ export_dir }}/galaxy/database/job_working_directory"
galaxy_tool_dependency_dir	Katalog tool_deps Galaxy	"{{ export_dir }}/tool_deps"

Zmienna	Opis	Domyślna
interactive_tools	Lista zainstalowanych narzędzi interaktywnych	'bam_iobio','jupyter_notebook','rstudio','vcf_iobio'
interactive_dir	Katalog konfiguracyjny narzędzi interaktywnych	"{{ laniakea_galaxy_server_dir }}/tools/interactive"
interactivetool_manager_file	Ścieżka do menedżera Interactivetool.py	"{{ laniakea_galaxy_server_dir }}/lib/galaxy/managers/interactivetool.py"
rstudio_interactive_file	Ścieżka do interactivetool_rstudio.xml	"{{ interactive_dir }}/interactivetool_rstudio.xml"
jupyter_interactive_file	Ścieżka do interactivetool_jupyter_notebook.xml	"{{ interactive_dir }}/interactivetool_jupyter_notebook.xml"
pulsar_kill_util_file	Ścieżka do kill.py menedżera pulsar	"{{ galaxy_install_path }}/venv/lib/python3.6/site-packages/pulsar/managers/util/kill.py"

Wymagane role:

---
- name: Narzędzia Interaktywne Galaxy
  hosts: all
  roles:
    - role: "/path/to/ansible-role-interactive-tools/"
      become: true

O projekcie

Zainstaluj

ansible-galaxy install laniakea.galaxy_interactive_tools

GitHub repozytorium

Licencja

Unknown

Pobrania

509

Właściciel