galaxyproject.cloudman-galaxy-setup

Rola Ta rola jest używana do konfiguracji Galaxy do współpracy z CloudMan.

Wymagania

Nie ma wymagań wyraźnych, ale jest głównie przeznaczona do użycia w kontekście większego podręcznika CloudMan. Zobacz także rolę Narzędzia Galaxy, ponieważ jest przydatna do uruchomienia po tej roli.

Zmienne

Zmienne opcjonalne

Zauważ, że niektóre z tych zmiennych powinny odpowiadać zmiennym o tej samej nazwie z podręcznika CloudMan.

• galaxyFS_base_dir: (domyślnie: /mnt/galaxy) podstawowa ścieżka, w której planowane jest umieszczenie systemu plików Galaxy
• galaxy_user_name: (domyślnie: galaxy) nazwa użytkownika systemowego używana przez Galaxy
• galaxy_server_dir: (domyślnie: /mnt/galaxy/galaxy-app) Domyślna lokalizacja, w której przechowywana jest aplikacja Galaxy
• galaxy_venv_dir: (domyślnie: {{ galaxy_server_dir }}/.venv) Lokalizacja wirtualnego środowiska używanego przez Galaxy
• galaxy_config_file: (domyślnie: {{ galaxy_server_dir }}/config/galaxy.ini) Lokalizacja głównego pliku konfiguracyjnego Galaxy
• cmg_setup_files: Lista plików do skopiowania z tej roli do drzewa źródłowego Galaxy. Zobacz defaults/main.yml dla domyślnych ustawień.
• cmg_extra_files: Umożliwia skopiowanie listy dodatkowych, zdefiniowanych przez użytkownika plików do drzewa źródłowego Galaxy. Domyślnie to pusta lista, ale powinna być w formacie podobnym do cmg_setup_files.

Zmienne sterujące

Użyj następujących zmiennych sterujących, aby zdecydować, które części roli chcesz uruchomić:

• cm_setup_galaxy: (domyślnie: yes) czy uruchomić krok konfiguracji Galaxy

Zależności

Brak.

Przykład Podręcznika

Aby użyć roli, umieść ją w pliku podręcznika o nazwie playbook.yml w następujący sposób (zakładając, że rola została umieszczona w katalogu roles/galaxyprojectdotorg.cloudman-galaxy-setup):

- hosts: galaxyFS-builder
  become: yes
  roles:
    - role: galaxyprojectdotorg.cloudman-galaxy-setup
      become_user: "{{ galaxy_user_name }}"

Następnie stwórz plik hosts:

[galaxyFS-builder]
130.56.250.204 ansible_ssh_private_key_file=key.pem ansible_ssh_user=ubuntu

Na koniec uruchom podręcznik w następujący sposób:

$ ansible-playbook playbook.yml -i hosts