indigo-dc.disvis-powerfit

Rola i Dockerfile dla aplikacji disvis i powerfit

Role i Dockerfile do instalacji aplikacji disvis lub powerfit:

Aplikację można wybrać z zmiennej roli.

Wprowadzenie

Repozytorium zawiera role ansible, które są publikowane w ansible galaxy: https://galaxy.ansible.com/indigo-dc/disvis-powerfit/

Katalogi docker-disvis i docker-powerfit są połączone z dockerhub z automatycznym budowaniem tych 2 obrazów. Te obrazy mogą uruchamiać disvis lub powerfit na CPU lub GPU, wersja sterownika NVIDIA jest pokazana poniżej w domyślnej zmiennej roli nvidia_driver_version

Wymagania

Rola LIP-Computing.ansible-role-nvidia powinna być uruchomiona wcześniej, aby zainstalować sterownik nvidia i jest hostowana w repozytorium:

https://github.com/LIP-Computing/ansible-role-nvidia

Sprawdź README, aby zainstalować i uruchomić rolę.

Zmienne roli

Zmiennymi, które mogą być przekazywane do tej roli oraz ich krótkie opisy są następujące.

Aplikacja Haddocking: disvis lub powerfit
- haddock_app: Domyślnie = disvis
URL z nagłówkami opencl
- opencl_url: Domyślnie = http://www.lip.pt/~david/cl_include.tgz

Instalacja Playbooka

Aby zainstalować rolę:

$ ansible-galaxy install indigo-dc.disvis-powerfit

Uruchom playbook

Przykład playbooka dla disvis:

---
- hosts: localhost
  roles:
    - { role: indigo-dc.disvis-powerfit, haddock_app: disvis }

Lub wykonaj:

$ ansible-playbook /etc/ansible/roles/indigo-dc.disvis-powerfit/tests/disvis.yml

Przykład playbooka dla powerfit:

---
- hosts: localhost
  roles:
    - { role: indigo-dc.disvis-powerfit, haddock_app: powerfit }

Lub wykonaj:

$ ansible-playbook /etc/ansible/roles/indigo-dc.disvis-powerfit/tests/powerfit.yml

Uruchomienie aplikacji disvis

Przykład uruchamia disvis na CPU z 2 wątkami:

$ cd /home
$ mkdir out
$ export LD_LIBRARY_PATH=/usr/lib/x86_64-linux-gnu:/usr/local/lib64
$ export EX_DIR=/usr/local/disvis/test-cases/PRE5-PUP2-complex
$ disvis ${EX_DIR}/O14250.pdb ${EX_DIR}/Q9UT97.pdb ${EX_DIR}/restraints.dat -p 2 -a 20.0 -vs 2 -d /home/out

Aby uruchomić na GPU:

$ cd /home
$ mkdir out
$ export LD_LIBRARY_PATH=/usr/lib/x86_64-linux-gnu:/usr/local/lib64
$ export EX_DIR=/usr/local/disvis/test-cases/PRE5-PUP2-complex
$ disvis ${EX_DIR}/O14250.pdb ${EX_DIR}/Q9UT97.pdb ${EX_DIR}/restraints.dat -g -a 20.0 -vs 2 -d /home/out