Serwer OMERO

Instaluje i konfiguruje OMERO.server.

Ostrzeżenie: Obsługuje tylko Pythona 3. Zobacz CHANGES.md po szczegóły.

Zależności

Wymagany jest serwer PostgreSQL.

Zmienne Roli

Wszystkie zmienne są opcjonalne, pełna lista znajduje się w defaults/main.yml

Wersja OMERO.server.

• omero_server_release: Wydanie OMERO, np. 5.6.0. Domyślnie present, co instaluje najnowszy serwer, jeśli żaden nie jest zainstalowany, ale nie modyfikuje istniejącego serwera. Użyj latest, aby automatycznie zaktualizować, gdy nowa wersja zostanie wydana.

Parametry połączenia z bazą danych i inicjalizacja.

• omero_server_dbhost: Host bazy danych
• omero_server_dbuser: Użytkownik bazy danych
• omero_server_dbname: Nazwa bazy danych
• omero_server_dbpassword: Hasło do bazy danych
• omero_server_rootpassword: Hasło root do OMERO, domyślnie omero. Jest używane tylko przy inicjalizacji nowej bazy danych.

Konfiguracja OMERO.server.

• omero_server_config_set: Słownik config-key: value, który będzie używany do wstępnej konfiguracji OMERO.server, domyślnie pusty. value może być ciągiem tekstowym lub obiektem (lista, słownik), który zostanie automatycznie przekształcony na JSON w cudzysłowach. Zauważ, że konfigurację można również wykonać przed/po instalacji korzystając z katalogu w stylu server/config.

Użytkownik systemowy OMERO, grupa, uprawnienia i katalog danych. Możesz potrzebować je zmienić na potrzeby importu.

• omero_server_system_user: Użytkownik systemowy OMERO.server, domyślnie omero-server.
• omero_server_system_user_manage: Utwórz lub zaktualizuj użytkownika systemowego OMERO.server, jeśli to konieczne, domyślnie True.
• omero_server_system_uid: ID użytkownika systemowego OMERO (domyślnie automatyczne)
• omero_server_system_umask: Umask użytkownika systemowego OMERO, może być konieczne zmienić dla importów
• omero_server_system_managedrepo_group: Grupa systemowa OMERO dla ManagedRepository
• omero_server_datadir_mode: Uprawnienia dla katalogów danych OMERO oprócz ManagedRepository
• omero_server_datadir_managedrepo_mode: Uprawnienia dla OMERO ManagedRepository
• omero_server_datadir: Katalog danych OMERO, domyślnie /OMERO
• omero_server_datadir_managedrepo: Katalog OMERO ManagedRepository
• omero_server_selfsigned_certificates: Generuj certyfikaty self-signed zamiast używać anonimowych kryptografii, domyślnie True, użyj tego, jeśli twój system nie obsługuje niebezpiecznych kryptografii.

Konfiguracja systemd OMERO.server.

• omero_server_systemd_setup: Utwórz i uruchom usługę systemd omero-server, domyślnie True
• omero_server_systemd_limit_nofile: Limit systemd dla liczby otwartych plików (domyślnie ignorowane)
• omero_server_systemd_after: Lista dodatkowych nazw usług, które mają pojawić się w pliku jednostki systemd w sekcji "After". Domyślnie pusta/ żaden.
• omero_server_systemd_requires: Lista dodatkowych nazw usług, które mają się pojawić w pliku jednostki systemd w sekcji "Requires". Domyślnie pusta/ żaden.
• omero_server_systemd_environment: Słownik dodatkowych zmiennych środowiskowych.

Wirtualne środowisko Pythona

• omero_server_python_addons: Lista dodatkowych pakietów Pythona do zainstalowania w wirtualnym środowisku. Alternatywnie, możesz zainstalować pakiety do /opt/omero/server/venv3 niezależnie od tej roli.

Kopia zapasowa

• omero_server_database_backupdir: Zrzucenie bazy danych OMERO do tego katalogu przed aktualizacją, domyślnie puste (wyłączone)

Konfigurowanie OMERO.server

Ta rola regeneruje plik konfiguracyjny OMERO, używając plików konfiguracyjnych i skryptu pomocniczego w /opt/omero/server/config. omero_server_config_set można użyć do prostych konfiguracji, w przypadku bardziej złożonych warto rozważyć stworzenie jednego lub więcej plików konfiguracyjnych w katalogu: /opt/omero/server/config/ z rozszerzeniem .omero.

Ręczne zmiany konfiguracyjne (omero config ...) zostaną utracone po ponownym uruchomieniu omero-server za pomocą systemd, można to wyłączyć ustawiając omero_server_always_reset_config: false. Ręczne zmiany konfiguracyjne nigdy nie będą kopiowane podczas aktualizacji.

Zobacz https://github.com/ome/design/issues/70 w sprawie propozycji dodania wsparcia dla katalogu w stylu conf.d bezpośrednio do OMERO.

Przykłady książek do zadań

# Zainstaluj najnowszą wersję, w tym PostgreSQL na tym samym serwerze
- hosts: localhost
  roles:

  - role: ome.postgresql
    postgresql_version: "13"
    postgresql_databases:
      - name: omero
        owner: omero
    postgresql_users:
      - user: omero
        password: omero
        databases: [omero]

  - role: ome.omero_server

# Zainstaluj lub zaktualizuj do konkretnej wersji, z zewnętrzną bazą danych
- hosts: localhost
  roles:
  - ome.omero_server
    omero_server_release: 5.6.0
    omero_server_dbhost: postgres.example.org
    omero_server_dbuser: db_user
    omero_server_dbname: db_name
    omero_server_dbpassword: db_password
    # Wersja wymagana dla klienta psql
    postgresql_version: "13"

Informacje o Autorze

ome-devel@lists.openmicroscopy.org.uk