Галактика Ланиакея

Роль Ansible для установки Galaxy 23.0 с использованием ролей, разработанных сообществом Galaxy.

Требования

Необходимые роли:

• src: galaxyproject.galaxy версия: 0.10.14
• src: galaxyproject.nginx версия: 0.7.1
• src: galaxyproject.postgresql версия: 1.1.2
• src: galaxyproject.postgresql_objects версия: 1.2.0
• src: geerlingguy.pip версия: 2.0.0
• src: galaxyproject.miniconda версия: 0.3.1
• src: usegalaxy_eu.certbot версия: 0.1.11
• src: galaxyproject.tusd версия: 0.0.1
• src: galaxyproject.cvmfs версия: 0.2.14

Версия Ansible

протестировано с : Ansible 4.10.0 с Ansible core 2.11.12

Задачи

main.yml содержит все необходимые под-роли.

pre_tasks.yml вызывает набор предустановленных задач для конкретной ОС: для CentOS7 или RockyLinux9.

Переменные

• Переменные Ланиакеи: vars/main.yml
• Переменные по умолчанию (администраторы, пути): defaults/mail.yml
• Переменные, специфичные для роли, находятся в файлах задач:
  • PostgeSQL: tasks/postgresql_objects.yml
  • NGINX: tasks/nginx.yml
  • Galaxy: tasks/install_galaxy_role_vars.yml
  • TUSD: tasks/tusd.yml и частично в tasks/install_galaxy_role_vars.yml

Локальное выполнение тестов

# на пустой ВМ
# установка требований
sudo yum install -y git pip vim
pip install ansible==4.10.0 ansible-core==2.11.12
# клонирование репозитория
git clone <repo_path>
# копирование тестового плейбука
cp ansible-role-laniakea-galaxy/tests/test.yml test.yml
# обновление имени хоста и пользователя ansible
vim inventory
ansible-galaxy install -r ansible-role-laniakea-galaxy/requirements.yml
cd ../
# запуск плейбука
ansible-playbook -i ansible-role-laniakea-galaxy/inventory test.yml

Логи:

• <galaxy_install_path>/var/gravity/log/ (с путями по умолчанию /home/galaxy/galaxy/var/gravity/log/) - Логи Gravity:
  • gunicorns
  • обработчики
  • celery
  • tusd
  • интерактивные инструменты (если включены)
• sudo journalctl -u galaxy все логи Galaxy (приходят от supervisor, расположены в /home/galaxy/galaxy/var/gravity/supervisor/supervisord.log)

Пример плейбука

 ---

 - hosts: galaxyservers
   become: true
   vars:
     GALAXY_ADMIN_USERNAME: ""
     GALAXY_ADMIN_PASSWORD: ""
     GALAXY_ADMIN_API_KEY: ""
     GALAXY_ADMIN_EMAIL: ""
   roles:
     - ansible-role-laniakea-galaxy

Лицензия

Лицензия Apache v2

http://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0

Информация об авторе

Пьетро Мандреоли, email: pietro.mandreoli@unimi.it
Полина Хмелевская: khmelevskayapv@gmail.com