laniakea.galaxy_interactive_tools

Интерактивные инструменты Laniakea

Эта роль используется для настройки Интерактивных инструментов на Galaxy. В настоящее время она была протестирована на Galaxy 21.09.

Переменная	Описание	Значение по умолчанию
gie_proxy	Список переменных, используемых ролью usegalaxy-eu.gie_proxy	//
dir	Директория, где установлен gie-proxy	/home/galaxy/galaxy/gie-proxy/proxy
git_version	Git-репозиторий для клонирования	main
setup_nodejs	Устанавливать ли Node.js, варианты: `package` и `nodeenv`	nodeenv
virtualenv_command	Команда для создания virtualenv при использовании метода nodeenv	/usr/bin/python3 -m virtualenv
nodejs_version	Версия Node.js для установки при использовании метода nodeenv	"16.14.0"
virtualenv	Путь к virtualenv, в который будут установлены nodeenv/Node.js/npm	/home/galaxy/galaxy/gie-proxy/venv
setup_service	Настраивать ли прокси как сервис, опция - только systemd	systemd
sessions_path	Путь к файлу карты сессий Интерактивных инструментов	"{{ galaxy_mutable_data_dir }}/interactivetools_map.sqlite"
gie_proxy_port	Порт, на котором слушает gie-proxy	8000

Переменная	Описание	Значение по умолчанию
laniakea_galaxy_user	Имя пользователя, запускающего Galaxy	galaxy
galaxy_install_path	Основная директория Galaxy	/home/galaxy/galaxy
laniakea_galaxy_server_dir	Директория сервера Galaxy	"{{ galaxy_install_path }}/server"
laniakea_galaxy_config_dir	Директория конфигурации Galaxy	"{{ galaxy_install_path }}/config"
laniakea_galaxy_config_file	Путь к файлу конфигурации galaxy.yml	"{{ laniakea_galaxy_config_dir }}/galaxy.yml"
galaxy_mutable_data_dir	Переменная директория Galaxy	/home/galaxy/galaxy/var
galaxy_tool_conf_interactive_path	Путь к файлу tool_conf_interactive.xml	"{{ laniakea_galaxy_config_dir }}/tool_conf_interactive.xml"
export_dir	Директория экспорта, где хранятся данные и образы docker	/export
interactive_tools_galaxy_config.galaxy	Список пар ключ-значение, добавляемых в galaxy.yml	//
galaxy_config_templates	Список, содержащий исходные и целевые файлы для шаблонов конфигурации Galaxy	//

Это переменные, хранящиеся в переменной interactive_tools_galaxy_config.galaxy, как указано в файле конфигурации galaxy.yml.

Переменная	Описание	Значение по умолчанию
job_config_file	Путь к файлу job_conf.xml	"{{ laniakea_galaxy_config_dir }}/job_conf.xml"
interactivetools_enable	Включает интерактивные инструменты	true
interactivetools_map	Путь к карте сессий интерактивных инструментов	"{{ gie_proxy.sessions_path }}"
galaxy_infrastructure_url	URL инфраструктуры Galaxy	"http://{{ inventory_hostname }}/galaxy/"

Переменная	Описание	Значение по умолчанию
nginx_conf_dir	Путь к файлам конфигурации для nginx	/etc/nginx

Переменная	Описание	Значение по умолчанию
pulsar_config_path	Путь к файлу конфигурации pulsar	"{{ laniakea_galaxy_config_dir }}/pulsar_app.yml"
galaxy_job_working_dir	Путь к рабочей директории заданий Galaxy	"{{ export_dir }}/galaxy/database/job_working_directory"
galaxy_tool_dependency_dir	Директория зависимостей инструментов Galaxy	"{{ export_dir }}/tool_deps"

Переменная	Описание	Значение по умолчанию
interactive_tools	Список установленных интерактивных инструментов	'bam_iobio','jupyter_notebook','rstudio','vcf_iobio'
interactive_dir	Директория конфигурации интерактивных инструментов	"{{ laniakea_galaxy_server_dir }}/tools/interactive"
interactivetool_manager_file	Путь к менеджеру Interactivetool.py	"{{ laniakea_galaxy_server_dir }}/lib/galaxy/managers/interactivetool.py"
rstudio_interactive_file	Путь к interactivetool_rstudio.xml	"{{ interactive_dir }}/interactivetool_rstudio.xml"
jupyter_interactive_file	Путь к interactivetool_jupyter_notebook.xml	"{{ interactive_dir }}/interactivetool_jupyter_notebook.xml"
pulsar_kill_util_file	Путь к kill.py менеджеру pulsar	"{{ galaxy_install_path }}/venv/lib/python3.6/site-packages/pulsar/managers/util/kill.py"

Необходимые роли:

---
- name: Интерактивные инструменты Galaxy
  hosts: all
  roles:
    - role: "/path/to/ansible-role-interactive-tools/"
      become: true

О проекте

Установить

ansible-galaxy install laniakea.galaxy_interactive_tools

GitHub репозиторий

Лицензия

Unknown

Загрузки

509

Владелец