galaxyproject.cloudman-galaxy-setup

Эта роль предназначена для настройки Galaxy для работы с CloudMan.

Требования

Явных требований нет, но она в основном предназначена для использования в контексте большей инструкции CloudMan. Также посмотрите на роль Galaxy Tools, поскольку она полезна для выполнения после этой роли.

Переменные

Необязательные переменные

Обратите внимание, что некоторые из этих переменных должны совпадать с переменными с теми же именами из инструкции CloudMan.

• galaxyFS_base_dir: (по умолчанию: /mnt/galaxy) базовый путь, по которому планируется разместить файловую систему Galaxy
• galaxy_user_name: (по умолчанию: galaxy) имя пользователя системы, используемое для Galaxy
• galaxy_server_dir: (по умолчанию: /mnt/galaxy/galaxy-app) Путь по умолчанию, где хранится приложение Galaxy
• galaxy_venv_dir: (по умолчанию: {{ galaxy_server_dir }}/.venv) Путь к виртуальной среде, используемой Galaxy
• galaxy_config_file: (по умолчанию: {{ galaxy_server_dir }}/config/galaxy.ini) Путь к главному конфигурационному файлу Galaxy
• cmg_setup_files: Список файлов, которые необходимо скопировать из этой роли в исходное дерево Galaxy. Смотрите defaults/main.yml для значений по умолчанию.
• cmg_extra_files: Предоставляет возможность скопировать список дополнительных, заданных пользователем файлов в исходное дерево Galaxy. По умолчанию — пустой список, но должен быть в формате, аналогичном cmg_setup_files.

Переменные управления потоком

Используйте следующие переменные управления потоком, чтобы решить, какие части роли вы хотите выполнить:

• cm_setup_galaxy: (по умолчанию: yes) нужно ли выполнять шаг настройки Galaxy

Зависимости

Нет.

Пример инструкции

Чтобы использовать роль, оберните её в файл инструкции, называемый playbook.yml, следующим образом (предполагается, что роль размещена в каталоге roles/galaxyprojectdotorg.cloudman-galaxy-setup):

- hosts: galaxyFS-builder
  become: yes
  roles:
    - role: galaxyprojectdotorg.cloudman-galaxy-setup
      become_user: "{{ galaxy_user_name }}"

Далее создайте файл hosts:

[galaxyFS-builder]
130.56.250.204 ansible_ssh_private_key_file=key.pem ansible_ssh_user=ubuntu

Наконец, запустите инструкцию следующим образом:

$ ansible-playbook playbook.yml -i hosts