miniconda

galaxyproject.miniconda

Это Ansible роль для установки и управления установкой Miniconda. Дополнительно, эта роль может управлять созданием Conda окружения, которое можно использовать для создания venv для Galaxy.

Требования

Требуется версия Linux или macOS, совместимая с Conda.

Переменные роли

Смотрите defaults/main.yml для полного списка.

Единственная обязательная переменная — miniconda_prefix, корень установки Conda.

Чтобы создавать произвольные окружения conda, используйте переменную miniconda_conda_environments, как показано в настройках по умолчанию, или в примере ниже. Роль также выполнит conda install, чтобы обновить эти окружения, если вы измените их список пакетов или версии пакетов.

Чтобы создать окружение с именем _galaxy_ для создания venv для Galaxy, установите galaxy_conda_create_env в true. Затем вы можете использовать {{ miniconda_prefix }}/envs/_galaxy_/bin/virtualenv как значение для galaxy_virtualenv_command в galaxyproject.galaxy. Это особенно полезно, если вам нужна кросс-платформенная копия Python и venv Galaxy, которая будет развернута на общем файловом хранилище между сервером Galaxy и кластером, у которых могут быть разные дистрибутивы и версии ОС.

Зависимости

Нет

Пример плейбука

- hosts: localhost
  vars:
    miniconda_prefix: /conda
    miniconda_conda_environments:
      [email protected]:
        channels:  # необязательно, по умолчанию miniconda_channels
          - conda-forge
          - defaults
        packages:
          - python=3.9
  connection: local
  roles:
     - galaxyproject.miniconda