disvis-powerfit

Роль и Dockerfile для приложений disvis и powerfit

Роли и Dockerfile для установки приложений disvis или powerfit:

Приложение можно выбрать из переменной роли.

Введение

Репозиторий содержит ansible-роллы, которые опубликованы в ansible galaxy: https://galaxy.ansible.com/indigo-dc/disvis-powerfit/

Каталоги docker-disvis и docker-powerfit связаны с dockerhub с автоматической сборкой этих 2 образов. Эти образы могут запускать disvis или powerfit как на ЦП, так и на ГП. Версия NVIDIA драйвера показана ниже в переменной по умолчанию ansible-role nvidia_driver_version

Требования

Роль LIP-Computing.ansible-role-nvidia должна быть запущена заранее, чтобы установить драйвер NVIDIA, и размещена в репозитории:

https://github.com/LIP-Computing/ansible-role-nvidia

Проверьте README для установки и запуска роли.

Переменные роли

Переменные, которые можно передать этой роли, и краткое описание их следующими:

Приложение Haddocking: disvis или powerfit
- haddock_app: По умолчанию = disvis
URL с заголовками opencl
- opencl_url: По умолчанию = http://www.lip.pt/~david/cl_include.tgz

Установка плейбука

Чтобы установить роль:

$ ansible-galaxy install indigo-dc.disvis-powerfit

Запуск плейбука

Пример плейбука для disvis:

---
- hosts: localhost
  roles:
    - { role: indigo-dc.disvis-powerfit, haddock_app: disvis }

Или выполните:

$ ansible-playbook /etc/ansible/roles/indigo-dc.disvis-powerfit/tests/disvis.yml

Пример плейбука для powerfit:

---
- hosts: localhost
  roles:
    - { role: indigo-dc.disvis-powerfit, haddock_app: powerfit }

Или выполните:

$ ansible-playbook /etc/ansible/roles/indigo-dc.disvis-powerfit/tests/powerfit.yml

Запуск приложения disvis

Пример запуска disvis на ЦП с 2 потоками:

$ cd /home
$ mkdir out
$ export LD_LIBRARY_PATH=/usr/lib/x86_64-linux-gnu:/usr/local/lib64
$ export EX_DIR=/usr/local/disvis/test-cases/PRE5-PUP2-complex
$ disvis ${EX_DIR}/O14250.pdb ${EX_DIR}/Q9UT97.pdb ${EX_DIR}/restraints.dat -p 2 -a 20.0 -vs 2 -d /home/out

Чтобы запустить на ГП:

$ cd /home
$ mkdir out
$ export LD_LIBRARY_PATH=/usr/lib/x86_64-linux-gnu:/usr/local/lib64
$ export EX_DIR=/usr/local/disvis/test-cases/PRE5-PUP2-complex
$ disvis ${EX_DIR}/O14250.pdb ${EX_DIR}/Q9UT97.pdb ${EX_DIR}/restraints.dat -g -a 20.0 -vs 2 -d /home/out