indigo-dc.galaxycloud_docker

Эта роль разработана для использования в проекте Laniakea, чтобы запускать официальные контейнеры Galaxy Docker и их варианты на виртуальной машине с Centos7 (или Ubuntu 16.04), создавая пользователя-администратора Galaxy и монтируя конкретную файловую систему CernVM.

Настройка Galaxy

• Создание пользователя-администратора
• Настройка бренда Galaxy
• Отключен анонимный вход
• Разрешить создание пользователей
• Разрешить подмену пользователей
• Настройка CVMFS (по умолчанию: data.galaxyproject.org)

Требования

Эта роль Ansible поддерживает CentOS 7 и Ubuntu 16.04 Xenial.

Минимальная версия Ansible: 2.1.2.0

Переменные роли

Основные переменные

galaxy_instance_description: установить бренд Galaxy, по умолчанию = "ELIXIR-IT"

export_dir: директория для хранения файлов базы данных Galaxy и образов docker, по умолчанию ="/export"

galaxy_flavor: "<owner>/<docker>:<docker_flag>", установить контейнер Galaxy Docker, по умолчанию = "bgruening/galaxy-stable:18.05"

tool_data_table_conf: путь по умолчанию к файлу tool_data_table_conf.xml = '/etc/galaxy/tool_data_table_conf.xml'

Создание пользователя-администратора Galaxy

GALAXY_ADMIN_PASSWORD: пароль администратора Galaxy.

GALAXY_ADMIN_API_KEY: API-ключ администратора Galaxy.

GALAXY_ADMIN_EMAIL: электронная почта администратора Galaxy.

Переменные роли Galaxy CVMFS

refdata_cvmfs_repository_name: имя репозитория CVMFS для монтирования на контейнере Docker, по умолчанию = "elixir-italy.covacs.refdata"

server_url: IP-адрес или URL сервера STRATUM 0 или STRATUM 1, по умолчанию = "90.147.75.251"

cvmfs_server_url: "http://{{ server_url }}/cvmfs/{{ refdata_cvmfs_repository_name }}"

cvmfs_public_key_path: URL ключа для загрузки, по умолчанию = "/etc/cvmfs/keys"

cvmfs_public_key: "{{ refdata_cvmfs_repository_name }}.pub"

proxy_url: Прокси-сервер или DIRECT, по умолчанию = DIRECT

proxy_port: 80

cvmfs_http_proxy: "http://{{ proxy_url }}:{{ proxy_port }}"

cvmfs_mountpoint: Точка монтирования Docker для сервера CVMFS, по умолчанию = "/cvmfs"

Шаблоны роли

default.local.j2: конфигурационный файл для репозитория CVMFS, который будет смонтирован на Galaxy Docker.

mygalaxyenv.j2: файл env с переменными окружения, необходимыми для настройки Galaxy Docker.

Зависимости

indigo-dc.docker : установка движка Docker и хранение образов docker внутри внешнего тома (/export).

Пример плейбука

- name: минимальный плейбук
  hosts: localhost
  roles:
    - { role: galaxycloud_docker }
  vars:
    GALAXY_ADMIN_EMAIL: "<your@email>"

Лицензия

Лицензия Apache v2

http://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0

Ссылки

Galaxy docker: https://github.com/bgruening/docker-galaxy-stable

Документация проекта Laniakea: https://laniakea.readthedocs.io/en/latest/

Официальная документация cvmfs: http://cvmfs.readthedocs.io/en/stable/cpt-repo.html