laniakea.galaxy_interactive_tools

Laniakea 交互工具

此角色用于在 Galaxy 上配置交互工具。目前已在 Galaxy 21.09 中测试过。

变量	描述	默认值
gie_proxy	包含用于 usegalaxy-eu.gie_proxy 角色的变量的列表	//
dir	gie-proxy 安装的目录	/home/galaxy/galaxy/gie-proxy/proxy
git_version	要克隆的 Git 版本	main
setup_nodejs	是否安装 Node.js，选项为 `package` 和 `nodeenv`	nodeenv
virtualenv_command	使用 nodeenv 方法时创建 virtualenv 的命令	/usr/bin/python3 -m virtualenv
nodejs_version	使用 nodeenv 方法时要安装的 Node.js 版本	"16.14.0"
virtualenv	要安装 nodeenv/Node.js/npm 的 virtualenv 路径	/home/galaxy/galaxy/gie-proxy/venv
setup_service	是否将代理配置为服务，仅支持 systemd	systemd
sessions_path	交互工具会话映射的路径	"{{ galaxy_mutable_data_dir }}/interactivetools_map.sqlite"
gie_proxy_port	gie-proxy 监听的端口	8000

变量	描述	默认值
laniakea_galaxy_user	运行 Galaxy 的用户名	galaxy
galaxy_install_path	Galaxy 基本目录	/home/galaxy/galaxy
laniakea_galaxy_server_dir	Galaxy 服务器目录	"{{ galaxy_install_path }}/server"
laniakea_galaxy_config_dir	Galaxy 配置目录	"{{ galaxy_install_path }}/config"
laniakea_galaxy_config_file	galaxy.yml 配置文件路径	"{{ laniakea_galaxy_config_dir }}/galaxy.yml"
galaxy_mutable_data_dir	Galaxy 变量目录	/home/galaxy/galaxy/var
galaxy_tool_conf_interactive_path	tool_conf_interactive.xml 文件路径	"{{ laniakea_galaxy_config_dir }}/tool_conf_interactive.xml"
export_dir	导出目录，数据和 Docker 镜像存储处	/export
interactive_tools_galaxy_config.galaxy	添加到 galaxy.yml 的键值对列表	//
galaxy_config_templates	包含 Galaxy 配置模板的源和目标列表	//

这些是存储在 interactive_tools_galaxy_config.galaxy 变量中的变量，在 galaxy.yml 配置文件中书写

变量	描述	默认值
job_config_file	job_conf.xml 的路径	"{{ laniakea_galaxy_config_dir }}/job_conf.xml"
interactivetools_enable	启用交互工具	true
interactivetools_map	交互工具会话映射路径	"{{ gie_proxy.sessions_path }}"
galaxy_infrastructure_url	Galaxy 基础设施 URL	"http://{{ inventory_hostname }}/galaxy/"

变量	描述	默认值
nginx_conf_dir	Nginx 配置文件的路径	/etc/nginx

变量	描述	默认值
pulsar_config_path	Pulsar 配置文件的路径	"{{ laniakea_galaxy_config_dir }}/pulsar_app.yml"
galaxy_job_working_dir	Galaxy 作业工作目录的路径	"{{ export_dir }}/galaxy/database/job_working_directory"
galaxy_tool_dependency_dir	Galaxy tool_deps 目录	"{{ export_dir }}/tool_deps"

变量	描述	默认值
interactive_tools	已安装的交互工具列表	'bam_iobio','jupyter_notebook','rstudio','vcf_iobio'
interactive_dir	交互工具配置目录	"{{ laniakea_galaxy_server_dir }}/tools/interactive"
interactivetool_manager_file	Interactivetool.py 管理器的路径	"{{ laniakea_galaxy_server_dir }}/lib/galaxy/managers/interactivetool.py"
rstudio_interactive_file	interactivetool_rstudio.xml 的路径	"{{ interactive_dir }}/interactivetool_rstudio.xml"
jupyter_interactive_file	interactivetool_jupyter_notebook.xml 的路径	"{{ interactive_dir }}/interactivetool_jupyter_notebook.xml"
pulsar_kill_util_file	kill.py pulsar 管理器的路径	"{{ galaxy_install_path }}/venv/lib/python3.6/site-packages/pulsar/managers/util/kill.py"

所需角色：

---
- name: Galaxy Interactive Tools
  hosts: all
  roles:
    - role: "/path/to/ansible-role-interactive-tools/"
      become: true

关于项目

安装

ansible-galaxy install laniakea.galaxy_interactive_tools

GitHub 仓库

许可证

Unknown

下载

509

拥有者