indigo-dc.disvis-powerfit

disvis 和 powerfit 应用程序的角色和 Dockerfile

安装 disvis 或 powerfit 应用程序所需的角色和 Dockerfile：

可以从角色变量中选择应用程序。

介绍

该存储库包含在 ansible galaxy 发布的 ansible 角色： https://galaxy.ansible.com/indigo-dc/disvis-powerfit/

docker-disvis 和 docker-powerfit 目录与 dockerhub 关联，并自动构建这两个镜像。这些镜像可以在 CPU 或 GPU 上运行 disvis 或 powerfit，NVIDIA 驱动程序版本在 ansible-角色的默认变量 nvidia_driver_version 中显示。

需求

在运行此角色之前，应先运行 LIP-Computing.ansible-role-nvidia 以安装 NVIDIA 驱动程序，该角色托管在以下存储库中：

https://github.com/LIP-Computing/ansible-role-nvidia

请查看 README 以安装和运行该角色。

角色变量

可以传递给此角色的变量及其简要说明如下：

Haddocking 应用程序：disvis 或 powerfit
- haddock_app：默认值 = disvis
包含 OpenCL 头文件的 URL
- opencl_url：默认值 = http://www.lip.pt/~david/cl_include.tgz

安装 Playbook

要安装该角色：

$ ansible-galaxy install indigo-dc.disvis-powerfit

运行 Playbook

disvis 的 Playbook 示例：

---
- hosts: localhost
  roles:
    - { role: indigo-dc.disvis-powerfit, haddock_app: disvis }

或者执行：

$ ansible-playbook /etc/ansible/roles/indigo-dc.disvis-powerfit/tests/disvis.yml

powerfit 的 Playbook 示例：

---
- hosts: localhost
  roles:
    - { role: indigo-dc.disvis-powerfit, haddock_app: powerfit }

或者执行：

$ ansible-playbook /etc/ansible/roles/indigo-dc.disvis-powerfit/tests/powerfit.yml

运行 disvis 应用程序

示例在 CPU 上以 2 个线程运行 disvis：

$ cd /home
$ mkdir out
$ export LD_LIBRARY_PATH=/usr/lib/x86_64-linux-gnu:/usr/local/lib64
$ export EX_DIR=/usr/local/disvis/test-cases/PRE5-PUP2-complex
$ disvis ${EX_DIR}/O14250.pdb ${EX_DIR}/Q9UT97.pdb ${EX_DIR}/restraints.dat -p 2 -a 20.0 -vs 2 -d /home/out

在 GPU 上运行：

$ cd /home
$ mkdir out
$ export LD_LIBRARY_PATH=/usr/lib/x86_64-linux-gnu:/usr/local/lib64
$ export EX_DIR=/usr/local/disvis/test-cases/PRE5-PUP2-complex
$ disvis ${EX_DIR}/O14250.pdb ${EX_DIR}/Q9UT97.pdb ${EX_DIR}/restraints.dat -g -a 20.0 -vs 2 -d /home/out