Ansible角色：marvel-nccr.aiida

一个在Ubuntu、RHEL、CentOS和Fedora上安装和配置AiiDA的Ansible角色。

该角色：

• 安装并启动PostgreSQL和RabbitMQ服务
• 安装指定版本的Python
• 创建一个名为'aiida'的Python虚拟环境，并在其中安装aiida-core和插件
• 创建一个名为'jupyter'的Python虚拟环境，并在其中安装Jupyter和Jupyter Lab，然后将虚拟环境链接为内核。
• 添加virtualenwrapper用于管理虚拟环境。
• 创建AiiDA配置文件并启动守护进程
• 启动AiiDA REST API
• 为AiiDA插件配置本地代码（定义代码路径）
• 在AiiDA配置文件中设置伪势能族

安装

ansible-galaxy install marvel-nccr.aiida

角色变量

请查看defaults/main.yml

示例Playbook

- hosts: servers
  roles:
  - role: marvel-nccr.aiida

要完整使用JupyterLab，请安装nodejs，例如使用geerlingguy.nodejs：

- hosts: servers
  tasks:
  - include_role:
      name: geerlingguy.nodejs
    vars:
      nodejs_version: 12.x
      nodejs_install_npm_user: root
  - include_role:
      name: marvel-nccr.aiida

注意：当构建Docker容器时，变量jupyter_ip: "0.0.0.0"应设置，以便aiida-jupyterlab正确暴露端口。

使用方法

运行后，用户可以使用以下命令在终端中“激活”aiida环境：

$ workon aiida
(aiida) $ verdi status
verdi status
 ✔ 配置目录： /root/.aiida
 ✔ 配置文件： 在配置文件名（带有连字符）中
 ✔ 资源库： /root/.aiida/repository/name-with-dashes
 ✔ postgres：以aiida@localhost:5432连接
 ✔ rabbitmq：以amqp://guest:[email protected]:5672?heartbeat=600连接
 ✔ 守护进程：自2020-11-30 21:51:30起以PID 9484运行

要启动jupyter lab服务器：

$ aiida-jupyterlab
...
    要访问笔记本，请在浏览器中打开此文件：
        file:///root/.local/share/jupyter/runtime/nbserver-14617-open.html
    或复制并粘贴以下其中一个URL：
        http://localhost:8890/?token=a7086764cda7aba8488a767386d57121429958771a8bccb2
     或 http://127.0.0.1:8890/?token=a7086764cda7aba8488a767386d57121429958771a8bccb2

开发与测试

该角色使用Molecule和Docker进行测试。

安装Docker后：

将仓库克隆到一个名为marvel-nccr.aiida的包中（该文件夹名称必须与Ansible Galaxy名称相同）

git clone https://github.com/marvel-nccr/ansible-role-aiida marvel-nccr.aiida
cd marvel-nccr.aiida

然后运行：

pip install -r requirements.txt  # 安装molecule
molecule test  # 运行测试

或使用tox（请参见tox.ini）：

pip install tox
tox

要手动测试创建的docker容器，可以首先运行：

tox converge

这将运行Ansible角色，使容器保持运行状态。 与容器交互的推荐方法是使用VS Code Docker扩展。 然后，您可以附加一个Visual Studio Code实例：

在容器内运行aiida-jupyterlab，您将能够从本地浏览器访问提供的URL。

完成后，使用以下命令销毁容器：

tox destroy

代码风格

代码风格采用pre-commit进行格式化和检查。

pip install pre-commit
pre-commit run --all

部署

通过GitHub Actions自动化部署到Ansible Galaxy。 只需标记一个发布vX.Y.Z以启动CI和发布工作流程。 注意，只有当CI测试通过时，发布才会完成。

许可证

MIT

联系方式

有关Quantum Mobile及其相关Ansible角色的询问，请直接联系AiiDA邮件列表。