OMERO 服务器

安装和配置 OMERO.server。

警告： 仅支持 Python 3。 有关详细信息，请参见 CHANGES.md。

依赖关系

需要 PostgreSQL 服务器。

角色变量

所有变量都是可选的，完整列表请参见 defaults/main.yml

OMERO.server 版本。

• omero_server_release：OMERO 版本，例如 5.6.0。 默认值是 present，如果没有安装服务器则会安装最新的服务器，但不会修改已存在的服务器。 使用 latest 在新版本发布时自动升级。

数据库连接参数和初始化。

• omero_server_dbhost：数据库主机
• omero_server_dbuser：数据库用户
• omero_server_dbname：数据库名称
• omero_server_dbpassword：数据库密码
• omero_server_rootpassword：OMERO 根密码，默认值为 omero。 仅在初始化新数据库时使用。

OMERO.server 配置。

• omero_server_config_set：一个 config-key: value 的字典，将用于初始的 OMERO.server 配置，默认值为空。 value 可以是字符串，也可以是将自动转换为带引号的 JSON 的对象（列表、字典）。 请注意，配置也可以在安装前/后使用 server/config 的 conf.d 样式目录进行。

OMERO 系统用户、组、权限和数据目录。 您可能需要为就地导入更改这些设置。

• omero_server_system_user：OMERO.server 系统用户，默认值为 omero-server。
• omero_server_system_user_manage：如果有必要，创建或更新 OMERO.server 系统用户，默认值为 True。
• omero_server_system_uid：OMERO 系统用户 ID（默认自动）
• omero_server_system_umask：OMERO 系统用户 umask，可能需要为就地导入更改
• omero_server_system_managedrepo_group：用于 ManagedRepository 的 OMERO 系统组
• omero_server_datadir_mode：除了 ManagedRepository 的 OMERO 数据目录权限
• omero_server_datadir_managedrepo_mode：OMERO ManagedRepository 的权限
• omero_server_datadir：OMERO 数据目录，默认为 /OMERO
• omero_server_datadir_managedrepo：OMERO ManagedRepository 目录
• omero_server_selfsigned_certificates：生成自签名证书而不是使用匿名密码，默认值为 True，如果您的系统不支持不安全的密码，请使用此选项。

OMERO.server systemd 配置。

• omero_server_systemd_setup：创建并启动 omero-server systemd 服务，默认值为 True
• omero_server_systemd_limit_nofile：systemd 打开的文件数限制（默认忽略）
• omero_server_systemd_after：一个包含附加服务名称的字符串列表，在 systemd 单元文件的 "After" 语句中出现。默认值为空/无。
• omero_server_systemd_requires：一个包含附加服务名称的字符串列表，在 systemd 单元文件的 "Requires" 语句中出现。默认值为空/无。
• omero_server_systemd_environment：附加环境变量字典。

Python 虚拟环境

• omero_server_python_addons：要安装到虚拟环境中的附加 Python 包的列表。 或者，您可以独立于该角色将包安装到 /opt/omero/server/venv3。

备份

• omero_server_database_backupdir：在升级前将 OMERO 数据库转储到此目录，默认为空（禁用）。

配置 OMERO.server

该角色使用 /opt/omero/server/config 中的配置文件和辅助脚本重新生成 OMERO 配置文件。 omero_server_config_set 可用于简单配置，对于更复杂的情况，请考虑在 /opt/omero/server/config/ 下创建一个或多个扩展名为 .omero 的配置文件。

手动配置更改（omero config ...）将在用 systemd 重启 omero-server 后丢失，您可以通过设置 omero_server_always_reset_config: false 来禁用此功能。 手动配置更改将在升级过程中永远不会被复制。

请参见 https://github.com/ome/design/issues/70 以获取关于在 OMERO 中直接添加 conf.d 样式目录支持的提案。

示例剧本

# 安装最新版本，包括在同一服务器上安装 PostgreSQL
- hosts: localhost
  roles:

  - role: ome.postgresql
    postgresql_version: "13"
    postgresql_databases:
      - name: omero
        owner: omero
    postgresql_users:
      - user: omero
        password: omero
        databases: [omero]

  - role: ome.omero_server


# 安装或升级到特定版本，使用外部数据库
- hosts: localhost
  roles:
  - ome.omero_server
    omero_server_release: 5.6.0
    omero_server_dbhost: postgres.example.org
    omero_server_dbuser: db_user
    omero_server_dbname: db_name
    omero_server_dbpassword: db_password
    # psql 客户端需要的版本
    postgresql_version: "13"

作者信息

ome-devel@lists.openmicroscopy.org.uk