galaxyproject.cloudman-galaxy-setup

Diese Rolle wird verwendet, um Galaxy für die Nutzung mit CloudMan einzurichten.

Anforderungen

Keine expliziten Anforderungen, aber sie ist hauptsächlich dafür gedacht, im Kontext des größeren CloudMan-Playbooks verwendet zu werden. Siehe auch die Galaxy Tools-Rolle, da es hilfreich ist, sie nach dieser Rolle auszuführen.

Variablen

Optionale Variablen

Beachten Sie, dass einige dieser Variablen mit gleichnamigen Variablen aus dem CloudMan-Playbook übereinstimmen sollten.

• galaxyFS_base_dir: (Standard: /mnt/galaxy) der Basis-Pfad, unter dem das Galaxy-Dateisystem geplant ist.
• galaxy_user_name: (Standard: galaxy) Systembenutzername, der für Galaxy verwendet wird.
• galaxy_server_dir: (Standard: /mnt/galaxy/galaxy-app) Der Standardort, an dem die Galaxy-Anwendung gespeichert ist.
• galaxy_venv_dir: (Standard: {{ galaxy_server_dir }}/.venv) Der Ort der virtuellen Umgebung, die von Galaxy verwendet wird.
• galaxy_config_file: (Standard: {{ galaxy_server_dir }}/config/galaxy.ini) Der Ort der Hauptkonfigurationsdatei von Galaxy.
• cmg_setup_files: Eine Liste von Dateien, die von dieser Rolle in den Quellbaum von Galaxy kopiert werden sollen. Siehe defaults/main.yml für die Standardeinstellungen.
• cmg_extra_files: Ermöglicht das Kopieren einer Liste von zusätzlichen, benutzerdefinierten Dateien in den Quellbaum von Galaxy. Die Standardeinstellung ist eine leere Liste, sollte aber in einem ähnlichen Format wie cmg_setup_files vorliegen.

Kontrollflussvariablen

Verwenden Sie die folgenden Kontrollflussvariablen, um zu entscheiden, welche Teile der Rolle Sie ausführen möchten:

• cm_setup_galaxy: (Standard: ja) ob der Galaxy-Einrichtungsschritt ausgeführt werden soll.

Abhängigkeiten

Keine.

Beispiel-Playbook

Um die Rolle zu verwenden, fügen Sie sie in eine Playbook-Datei mit dem Namen playbook.yml wie folgt ein (dies setzt voraus, dass die Rolle im Verzeichnis roles/galaxyprojectdotorg.cloudman-galaxy-setup platziert wurde):

- hosts: galaxyFS-builder
  become: ja
  roles:
    - role: galaxyprojectdotorg.cloudman-galaxy-setup
      become_user: "{{ galaxy_user_name }}"

Erstellen Sie als Nächstes eine hosts-Datei:

[galaxyFS-builder]
130.56.250.204 ansible_ssh_private_key_file=key.pem ansible_ssh_user=ubuntu

Führen Sie schließlich das Playbook wie folgt aus:

$ ansible-playbook playbook.yml -i hosts