galaxyproject.miniconda

Eine Ansible-Rolle zur Installation und Verwaltung von Miniconda. Zusätzlich kann die Rolle die Erstellung einer Conda-Umgebung verwalten, die verwendet werden kann, um ein venv für Galaxy zu erstellen.

Anforderungen

Eine Conda-kompatible Version von Linux oder macOS wird benötigt.

Rollenvariablen

Siehe defaults/main.yml für eine vollständige Liste.

Die einzige erforderliche Variable ist miniconda_prefix, der Stamm der Conda-Installation.

Um beliebige Conda-Umgebungen zu erstellen, verwenden Sie die Variable miniconda_conda_environments, wie in den Vorgaben oder im folgenden Beispiel gezeigt. Die Rolle führt auch conda install aus, um diese Umgebungen zu aktualisieren, wenn Sie ihre Paketliste oder Paketversionen ändern.

Um eine Umgebung mit dem Namen _galaxy_ für die Erstellung eines venv für Galaxy zu erstellen, setzen Sie galaxy_conda_create_env auf true. Sie können dann {{ miniconda_prefix }}/envs/_galaxy_/bin/virtualenv als Wert für galaxy_virtualenv_command in galaxyproject.galaxy verwenden. Dies ist besonders nützlich, wenn Sie eine plattformübergreifende Kopie von Python und Galaxys venv benötigen, die auf einem gemeinsam genutzten Dateisystem zwischen einem Galaxy-Server und einem Cluster bereitgestellt werden soll, die möglicherweise nicht die gleichen Betriebssystemversionen haben.

Abhängigkeiten

Keine

Beispiel-Playbook

- hosts: localhost
  vars:
    miniconda_prefix: /conda
    miniconda_conda_environments:
      [email protected]:
        channels:  # optional, standardmäßig miniconda_channels
          - conda-forge
          - defaults
        packages:
          - python=3.9
  connection: local
  roles:
     - galaxyproject.miniconda