Galaxia Laniakea

Rol de Ansible para instalar Galaxy 23.0 utilizando los roles desarrollados por la comunidad de Galaxy.

Requisitos

Roles necesarios:

• src: galaxyproject.galaxy versión: 0.10.14
• src: galaxyproject.nginx versión: 0.7.1
• src: galaxyproject.postgresql versión: 1.1.2
• src: galaxyproject.postgresql_objects versión: 1.2.0
• src: geerlingguy.pip versión: 2.0.0
• src: galaxyproject.miniconda versión: 0.3.1
• src: usegalaxy_eu.certbot versión: 0.1.11
• src: galaxyproject.tusd versión: 0.0.1
• src: galaxyproject.cvmfs versión: 0.2.14

Versión de Ansible

probado con : Ansible 4.10.0 con Ansible core 2.11.12

Tareas

main.yml incluye todos los sub-roles necesarios.

pre_tasks.yml llama a un conjunto de tareas previas específico del sistema operativo: para CentOS7 o RockyLinux9.

Variables

• Variables de Laniakea: vars/main.yml
• Variables predeterminadas (Admin, rutas): defaults/mail.yml
• Variables específicas del rol están en los archivos de tareas:
  • PostgreSQL: tasks/postgresql_objects.yml
  • NGINX: tasks/nginx.yml
  • Galaxy: tasks/install_galaxy_role_vars.yml
  • TUSD: tasks/tusd.yml y parcialmente en tasks/install_galaxy_role_vars.yml

Ejecución de Prueba Local

# en una VM en blanco
# instalar requisitos
sudo yum install -y git pip vim
pip install ansible==4.10.0 ansible-core==2.11.12
# clonar repositorio
git clone <repo_path>
# copiar el playbook de prueba
cp ansible-role-laniakea-galaxy/tests/test.yml test.yml
# actualizar nombre de host y usuario de ansible
vim inventory
ansible-galaxy install -r ansible-role-laniakea-galaxy/requirements.yml
cd ../
# ejecutar el playbook
ansible-playbook -i ansible-role-laniakea-galaxy/inventory test.yml

Registros:

• <galaxy_install_path>/var/gravity/log/ (con las rutas predeterminadas /home/galaxy/galaxy/var/gravity/log/) - Archivos de registro de Gravity:
  • gunicorns
  • handlers
  • celery
  • tusd
  • herramientas interactivas (si están habilitadas)
• sudo journalctl -u galaxy todos los registros de Galaxy (vienen de supervisor, ubicados en /home/galaxy/galaxy/var/gravity/supervisor/supervisord.log)

Ejemplo de Playbook

 ---

 - hosts: galaxyservers
   become: true
   vars:
     GALAXY_ADMIN_USERNAME: ""
     GALAXY_ADMIN_PASSWORD: ""
     GALAXY_ADMIN_API_KEY: ""
     GALAXY_ADMIN_EMAIL: ""
   roles:
     - ansible-role-laniakea-galaxy

Licencia

Licencia Apache v2

http://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0

Información del Autor

Pietro Mandreoli email: pietro.mandreoli@unimi.it
Polina Khmelevskaia: khmelevskayapv@gmail.com