Servidor OMERO

Instala y configura OMERO.server.

Advertencia: Solo es compatible con Python 3.
Consulta CHANGES.md para más detalles.

Dependencias

Se requiere un servidor PostgreSQL.

Variables del Rol

Todas las variables son opcionales, consulta defaults/main.yml para la lista completa.

Versión de OMERO.server.

• omero_server_release: La versión de OMERO, por ejemplo, 5.6.0.
  El valor por defecto es present, lo que instalará el servidor más reciente si no hay uno instalado, pero no modificará un servidor existente.
  Usa latest para actualizar automáticamente cuando se lance una nueva versión.

Parámetros de conexión a la base de datos e inicialización.

• omero_server_dbhost: Host de la base de datos
• omero_server_dbuser: Usuario de la base de datos
• omero_server_dbname: Nombre de la base de datos
• omero_server_dbpassword: Contraseña de la base de datos
• omero_server_rootpassword: Contraseña raíz de OMERO, valor por defecto omero.
  Esto solo se utiliza al inicializar una nueva base de datos.

Configuración de OMERO.server.

• omero_server_config_set: Un diccionario de clave-config: valor que se utilizará para la configuración inicial de OMERO.server, por defecto vacío.
  valor puede ser una cadena o un objeto (lista, diccionario) que se convertirá automáticamente a JSON entre comillas.
  Ten en cuenta que la configuración también se puede realizar antes/después de la instalación usando el directorio de estilo conf.d server/config.

Usuario del sistema OMERO, grupo, permisos y directorio de datos.
Es posible que necesites cambiar esto para importaciones in situ.

• omero_server_system_user: Usuario del sistema OMERO.server, valor por defecto omero-server.
• omero_server_system_user_manage: Crear o actualizar el usuario del sistema OMERO.server si es necesario, valor por defecto True.
• omero_server_system_uid: ID de usuario del sistema OMERO (por defecto automático).
• omero_server_system_umask: Umask del usuario del sistema OMERO, puede que necesite ser cambiado para importaciones in situ.
• omero_server_system_managedrepo_group: Grupo del sistema OMERO para el ManagedRepository.
• omero_server_datadir_mode: Permisos para los directorios de datos de OMERO aparte de ManagedRepository.
• omero_server_datadir_managedrepo_mode: Permisos para el ManagedRepository de OMERO.
• omero_server_datadir: Directorio de datos de OMERO, valor por defecto /OMERO.
• omero_server_datadir_managedrepo: Directorio del ManagedRepository de OMERO.
• omero_server_selfsigned_certificates: Generar certificados autofirmados en lugar de usar cifrados anónimos, valor por defecto True, usa esto si tu sistema no admite cifrados inseguros.

Configuración systemd de OMERO.server.

• omero_server_systemd_setup: Crear e iniciar el servicio systemd omero-server, valor por defecto True.
• omero_server_systemd_limit_nofile: Límite de systemd para el número de archivos abiertos (por defecto ignorar).
• omero_server_systemd_after: Una lista de cadenas con nombres de servicios adicionales que aparecerán en las declaraciones "After" del archivo de unidad de systemd. Por defecto vacío/ninguno.
• omero_server_systemd_requires: Una lista de cadenas con nombres de servicios adicionales que aparecerán en las declaraciones "Requires" del archivo de unidad de systemd. Por defecto vacío/ninguno.
• omero_server_systemd_environment: Diccionario de variables de entorno adicionales.

Entorno virtual de Python

• omero_server_python_addons: Lista de paquetes de Python adicionales que se instalarán en el entorno virtual.
  Alternativamente, puedes instalar paquetes en /opt/omero/server/venv3 de forma independiente a este rol.

Copias de seguridad

• omero_server_database_backupdir: Volcar la base de datos OMERO en este directorio antes de actualizar, valor por defecto vacío (desactivado).

Configuración de OMERO.server

Este rol regenera el archivo de configuración de OMERO utilizando los archivos de configuración y el script auxiliar en /opt/omero/server/config.
omero_server_config_set se puede utilizar para configuraciones simples; para configuraciones más complejas, considera crear uno o más archivos de configuración en: /opt/omero/server/config/ con la extensión .omero.

Los cambios de configuración manual (como omero config ...) se perderán tras un reinicio de omero-server con systemd. Puedes desactivar esto configurando omero_server_always_reset_config: false.
Los cambios de configuración manual nunca se copiarán durante una actualización.

Consulta https://github.com/ome/design/issues/70 para una propuesta que añade soporte para un directorio de estilo conf.d directamente en OMERO.

Ejemplos de Playbooks

# Instala la última versión, incluyendo PostgreSQL en el mismo servidor
- hosts: localhost
  roles:

  - role: ome.postgresql
    postgresql_version: "13"
    postgresql_databases:
      - name: omero
        owner: omero
    postgresql_users:
      - user: omero
        password: omero
        databases: [omero]

  - role: ome.omero_server


# Instala o actualiza a una versión particular con una base de datos externa
- hosts: localhost
  roles:
  - ome.omero_server
    omero_server_release: 5.6.0
    omero_server_dbhost: postgres.example.org
    omero_server_dbuser: db_user
    omero_server_dbname: db_name
    omero_server_dbpassword: db_password
    # Versión requerida para el cliente psql
    postgresql_version: "13"

Información del Autor

ome-devel@lists.openmicroscopy.org.uk