galaxyproject.cloudman-galaxy-setup

Ce rôle est utilisé pour configurer Galaxy pour une utilisation avec CloudMan.

Exigences

Aucune exigence explicite, mais il est largement destiné à être utilisé dans le contexte du playbook CloudMan. Consultez également le rôle Galaxy Tools car il est utile de l'exécuter après ce rôle.

Variables

Variables optionnelles

Notez que certaines de ces variables doivent correspondre à celles portant le même nom dans le playbook CloudMan.

• galaxyFS_base_dir : (par défaut : /mnt/galaxy) le chemin de base sous lequel le système de fichiers Galaxy doit être placé
• galaxy_user_name : (par défaut : galaxy) nom d'utilisateur système utilisé pour Galaxy
• galaxy_server_dir : (par défaut : /mnt/galaxy/galaxy-app) L'emplacement par défaut où l'application Galaxy est stockée
• galaxy_venv_dir : (par défaut : {{ galaxy_server_dir }}/.venv) L'emplacement de l'environnement virtuel utilisé par Galaxy
• galaxy_config_file : (par défaut : {{ galaxy_server_dir }}/config/galaxy.ini) L'emplacement du fichier de configuration principal de Galaxy
• cmg_setup_files : Une liste de fichiers à copier de ce rôle dans l'arborescence source de Galaxy. Voir defaults/main.yml pour les valeurs par défaut.
• cmg_extra_files : Fournit un point d'accroche pour copier une liste de fichiers supplémentaires définis par l'utilisateur dans l'arborescence source de Galaxy. La valeur par défaut est une liste vide, mais elle devrait être dans un format similaire à cmg_setup_files.

Variables de flux de contrôle

Utilisez les variables de flux de contrôle suivantes pour décider quelles parties du rôle vous souhaitez exécuter :

• cm_setup_galaxy : (par défaut : oui) si oui ou non exécuter l'étape de configuration de Galaxy

Dépendances

Aucune.

Exemple de Playbook

Pour utiliser le rôle, enveloppez-le dans un fichier de playbook appelé playbook.yml comme suit (ce qui suppose que le rôle a été placé dans le répertoire roles/galaxyprojectdotorg.cloudman-galaxy-setup) :

- hôtes : galaxyFS-builder
  devenir : oui
  rôles :
    - rôle : galaxyprojectdotorg.cloudman-galaxy-setup
      devenir_utilisateur : "{{ galaxy_user_name }}"

Ensuite, créez un fichier hosts :

[galaxyFS-builder]
130.56.250.204 ansible_ssh_private_key_file=key.pem ansible_ssh_user=ubuntu

Enfin, exécutez le playbook comme suit :

$ ansible-playbook playbook.yml -i hosts