galaxyproject.miniconda

To jest rola Ansible do instalacji i zarządzania Miniconda. Dodatkowo, rola ta może zarządzać tworzeniem środowiska Conda, które może być używane do tworzenia venv dla Galaxy.

Wymagania

Wymagana jest wersja Linux lub macOS zgodna z Conda.

Zmienne Roli

Zapoznaj się z defaults/main.yml, aby zobaczyć pełną listę.

Jedyną wymaganą zmienną jest miniconda_prefix, czyli folder główny instalacji Conda.

Aby tworzyć dowolne środowiska conda, użyj zmiennej miniconda_conda_environments, jak pokazano w domyślnych ustawieniach lub w poniższym przykładzie. Rola ta również wykona conda install, aby zaktualizować te środowiska w przypadku zmiany listy pakietów lub wersji pakietów.

Aby utworzyć środowisko o nazwie _galaxy_ do tworzenia venv dla Galaxy, ustaw galaxy_conda_create_env na true. Możesz następnie użyć {{ miniconda_prefix }}/envs/_galaxy_/bin/virtualenv jako wartości dla galaxy_virtualenv_command w galaxyproject.galaxy. Jest to szczególnie przydatne, jeśli potrzebujesz wersji Python i venv Galaxy działających na współdzielonym systemie plików między serwerem Galaxy a klastrem, które mogą mieć różne dystrybucje i wersje systemu operacyjnego.

Zależności

Brak

Przykład Skryptu

- hosts: localhost
  vars:
    miniconda_prefix: /conda
    miniconda_conda_environments:
      [email protected]:
        channels:  # opcjonalne, domyślnie to miniconda_channels
          - conda-forge
          - defaults
        packages:
          - python=3.9
  connection: local
  roles:
     - galaxyproject.miniconda