indigo-dc.galaxycloud_docker

Ta rola została stworzona do użycia w projekcie Laniakea w celu uruchomienia oficjalnych kontenerów Galaxy Docker oraz ich wersji na maszynie wirtualnej Centos7 (lub Ubuntu 16.04), tworząc użytkownika administratora Galaxy i montując specyficzny system plików CernVM.

Dostosowanie Galaxy

• Tworzenie użytkownika administratora
• Dostosowanie marki Galaxy
• Wyłączenie logowania anonimowego
• Zezwolenie na tworzenie użytkowników
• Zezwolenie na podszywanie się pod użytkowników
• Dostosowanie CVMFS (domyślnie: data.galaxyproject.org)

Wymagania

Ta rola ansible wspiera CentOS 7 i Ubuntu 16.04 Xenial.

Minimalna wersja ansible: 2.1.2.0

Zmienne roli

Główne zmienne

galaxy_instance_description: ustaw markę Galaxy, domyślnie = "ELIXIR-IT"

export_dir: katalog przechowujący pliki bazy danych Galaxy i obrazy dockera, domyślnie ="/export"

galaxy_flavor: "<właściciel>/<docker>:<flaga_dockera>", ustaw kontener Galaxy Docker, domyślnie = "bgruening/galaxy-stable:18.05"

tool_data_table_conf: domyślna ścieżka do pliku tool_data_table_conf.xml = '/etc/galaxy/tool_data_table_conf.xml'

Tworzenie użytkownika administratora Galaxy

GALAXY_ADMIN_PASSWORD: hasło administratora Galaxy.

GALAXY_ADMIN_API_KEY: klucz API administratora Galaxy.

GALAXY_ADMIN_EMAIL: adres email administratora Galaxy.

Zmienne roli Galaxy CVMFS

refdata_cvmfs_repository_name: nazwa repozytorium CVMFS do zamontowania w kontenerze Docker, domyślnie = "elixir-italy.covacs.refdata"

server_url: adres IP lub URL serwera STRATUM 0 lub STRATUM 1, domyślnie = "90.147.75.251"

cvmfs_server_url: "http://{{ server_url }}/cvmfs/{{ refdata_cvmfs_repository_name }}"

cvmfs_public_key_path: url klucza do pobrania, domyślnie = "/etc/cvmfs/keys"

cvmfs_public_key: "{{ refdata_cvmfs_repository_name }}.pub"

proxy_url: serwer proxy lub DIRECT, domyślnie = DIRECT

proxy_port: 80

cvmfs_http_proxy: "http://{{ proxy_url }}:{{ proxy_port }}"

cvmfs_mountpoint: punkt montowania Dockera dla serwera CVMFS, domyślnie = "/cvmfs"

Szablony roli

default.local.j2: plik konfiguracyjny dla repozytorium CVMFS, które będzie zamontowane na Galaxy Docker.

mygalaxyenv.j2: plik env z zmiennymi środowiskowymi potrzebnymi do skonfigurowania Galaxy Docker.

Zależności

indigo-dc.docker : instalacja silnika Docker i przechowywanie obrazów dockera w zewnętrznej pamięci (/export).

Przykład Playbooka

- name: minimalny playbook
  hosts: localhost
  roles:
    - { role: galaxycloud_docker }
  vars:
    GALAXY_ADMIN_EMAIL: "<twoj@email>"

Licencja

Licencja Apache v2

http://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0

Referencje

Docker Galaxy: https://github.com/bgruening/docker-galaxy-stable

Dokumentacja projektu Laniakea: https://laniakea.readthedocs.io/en/latest/

Oficjalna dokumentacja cvmfs: http://cvmfs.readthedocs.io/en/stable/cpt-repo.html