OMERO Сервер

Устанавливает и настраивает OMERO.server.

Внимание: Поддерживает только Python 3. Смотрите CHANGES.md для деталей.

Зависимости

Требуется сервер PostgreSQL.

Переменные роли

Все переменные являются необязательными, полный список смотрите в defaults/main.yml

Версия OMERO.server.

• omero_server_release: Выпуск OMERO, например, 5.6.0. По умолчанию стоит present, что установит последнюю версию сервера, если сервер не установлен, но не изменит существующий сервер. Используйте latest, чтобы автоматически обновляться при выходе новой версии.

Параметры подключения к базе данных и инициализация.

• omero_server_dbhost: Хост базы данных
• omero_server_dbuser: Пользователь базы данных
• omero_server_dbname: Имя базы данных
• omero_server_dbpassword: Пароль базы данных
• omero_server_rootpassword: Корневой пароль OMERO, по умолчанию omero. Это используется только при инициализации новой базы данных.

Настройка OMERO.server.

• omero_server_config_set: Словарь config-key: значение, который будет использован для начальной конфигурации OMERO.server, по умолчанию пустой. значение может быть строкой или объектом (список, словарь), который будет автоматически преобразован в строку JSON. Обратите внимание, что настройка также может быть выполнена до/после установки с использованием директории стиля конфигурации server/config.

Системный пользователь OMERO, группа, разрешения и директория данных. Вам может потребоваться изменить их для импорта на месте.

• omero_server_system_user: Системный пользователь OMERO.server, по умолчанию omero-server.
• omero_server_system_user_manage: Создать или обновить системного пользователя OMERO.server, если это необходимо, по умолчанию True.
• omero_server_system_uid: ID системного пользователя OMERO (по умолчанию автоматически)
• omero_server_system_umask: Umask системного пользователя OMERO, возможно, придется изменить для импорта на месте
• omero_server_system_managedrepo_group: Системная группа OMERO для ManagedRepository
• omero_server_datadir_mode: Разрешения для директорий данных OMERO, кроме ManagedRepository
• omero_server_datadir_managedrepo_mode: Разрешения для ManagedRepository OMERO
• omero_server_datadir: Директория данных OMERO, по умолчанию /OMERO
• omero_server_datadir_managedrepo: Директория ManagedRepository OMERO
• omero_server_selfsigned_certificates: Генерировать самоподписанные сертификаты вместо использования анонимных шифров, по умолчанию True, используйте это, если ваша система не поддерживает небезопасные шифры

Настройка systemd для OMERO.server.

• omero_server_systemd_setup: Создать и запустить сервис omero-server в systemd, по умолчанию True
• omero_server_systemd_limit_nofile: Ограничение systemd на количество открытых файлов (по умолчанию игнорируется)
• omero_server_systemd_after: Список строк с дополнительными именами сервисов, которые должны появиться в файле unit systemd в "After". По умолчанию пусто/нет.
• omero_server_systemd_requires: Список строк с дополнительными именами сервисов, которые должны появиться в файле unit systemd в "Requires". По умолчанию пусто/нет.
• omero_server_systemd_environment: Словарь дополнительных переменных окружения.

Python virtualenv

• omero_server_python_addons: Список дополнительных Python пакетов, которые будут установлены в virtualenv. Альтернативно вы можете установить пакеты в /opt/omero/server/venv3 независимо от этой роли.

Резервные копии

• omero_server_database_backupdir: Сбросить базу данных OMERO в эту директорию перед обновлением, по умолчанию пусто (отключено)

Настройка OMERO.server

Эта роль восстанавливает конфигурационный файл OMERO с использованием конфигурационных файлов и вспомогательного скрипта в /opt/omero/server/config. omero_server_config_set может использоваться для простых конфигураций, для более сложных рассмотрите возможность создания одного или нескольких конфигурационных файлов в: /opt/omero/server/config/ с расширением .omero.

Ручные изменения конфигурации (omero config ...) будут потеряны после перезагрузки omero-server с помощью systemd, вы можете отключить это, установив omero_server_always_reset_config: false. Ручные изменения конфигурации никогда не будут скопированы во время обновления.

Смотрите https://github.com/ome/design/issues/70 для предложения добавить поддержку директории стиля conf.d непосредственно в OMERO.

Примеры плейбуков

# Установить последнюю версию, включая PostgreSQL на том же сервере
- hosts: localhost
  roles:

  - role: ome.postgresql
    postgresql_version: "13"
    postgresql_databases:
      - name: omero
        owner: omero
    postgresql_users:
      - user: omero
        password: omero
        databases: [omero]

  - role: ome.omero_server


# Установить или обновить до конкретной версии с внешней базой данных
- hosts: localhost
  roles:
  - ome.omero_server
    omero_server_release: 5.6.0
    omero_server_dbhost: postgres.example.org
    omero_server_dbuser: db_user
    omero_server_dbname: db_name
    omero_server_dbpassword: db_password
    # Версия, необходимая для psql клиента
    postgresql_version: "13"

Информация об авторе

ome-devel@lists.openmicroscopy.org.uk