galaxyproject.cloudman-galaxy-setup

该角色用于设置Galaxy以便与CloudMan一起使用。

要求

没有明确要求，但它主要用于更大的CloudMan剧本环境中。另请参阅Galaxy工具角色，因为在运行此角色之后运行它是很有用的。

变量

可选变量

请注意，这些变量中的一些应该与CloudMan剧本中同名的变量匹配。

• galaxyFS_base_dir：（默认值：/mnt/galaxy）计划放置Galaxy文件系统的基础路径
• galaxy_user_name：（默认值：galaxy）用于Galaxy的系统用户名
• galaxy_server_dir：（默认值：/mnt/galaxy/galaxy-app）Galaxy应用程序存储的默认位置
• galaxy_venv_dir：（默认值：{{ galaxy_server_dir }}/.venv）Galaxy使用的虚拟环境位置
• galaxy_config_file：（默认值：{{ galaxy_server_dir }}/config/galaxy.ini）Galaxy主要配置文件的位置
• cmg_setup_files：要从该角色复制到Galaxy源代码树中的文件列表。有关默认值，请参见defaults/main.yml。
• cmg_extra_files：提供一个钩子，以将用户定义的额外文件列表复制到Galaxy的源代码树中。默认值是一个空列表，但格式应类似于cmg_setup_files。

控制流变量

使用以下控制流变量来决定您希望运行角色的哪些部分：

• cm_setup_galaxy：（默认值：yes）是否运行Galaxy设置步骤

依赖关系

无。

示例剧本

要使用该角色，请将其包装在名为playbook.yml的剧本文件中，如下所示（以下假设该角色已放置在目录roles/galaxyprojectdotorg.cloudman-galaxy-setup中）：

- hosts: galaxyFS-builder
  become: yes
  roles:
    - role: galaxyprojectdotorg.cloudman-galaxy-setup
      become_user: "{{ galaxy_user_name }}"

接下来，创建一个hosts文件：

[galaxyFS-builder]
130.56.250.204 ansible_ssh_private_key_file=key.pem ansible_ssh_user=ubuntu

最后，运行剧本，如下所示：

$ ansible-playbook playbook.yml -i hosts