galaxyproject.miniconda

这是一个用于安装和管理 Miniconda 的 Ansible 角色。此外，该角色还可以管理 Conda 环境的创建，这些环境可用于为 Galaxy 创建一个 venv。

要求

需要一个兼容 Conda 的 Linux 或 macOS 版本。

角色变量

完整的变量列表见 defaults/main.yml。

唯一必需的变量是 miniconda_prefix，它是 Conda 安装的根目录。

要创建任意的 conda 环境，请使用变量 miniconda_conda_environments，如 defaults 中所示，或参考下面的示例。如果您更改这些环境的包列表或包版本，角色还会运行 conda install 来更新这些环境。

要为 Galaxy 创建一个名为 _galaxy_ 的环境以生成 venv，请将 galaxy_conda_create_env 设置为 true。然后，您可以使用 {{ miniconda_prefix }}/envs/_galaxy_/bin/virtualenv 作为 galaxyproject.galaxy 中 galaxy_virtualenv_command 的值。这在您需要在一个可能与不同操作系统分发和版本不匹配的 Galaxy 服务器和集群之间共享文件系统上部署 Python 和 Galaxy 的 venv 时特别有用。

依赖关系

无

示例 Playbook

- hosts: localhost
  vars:
    miniconda_prefix: /conda
    miniconda_conda_environments:
      [email protected]:
        channels:  # 可选，默认为 miniconda_channels
          - conda-forge
          - defaults
        packages:
          - python=3.9
  connection: local
  roles:
     - galaxyproject.miniconda