indigo-dc.galaxycloud_docker

该角色旨在用于Laniakea项目，以便在Centos7（或Ubuntu 16.04）虚拟机上运行官方的Galaxy Docker容器及其变种，创建Galaxy管理员用户并挂载特定的CernVM文件系统。

Galaxy自定义

• 创建用户管理员
• Galaxy品牌自定义
• 禁用匿名登录
• 允许创建用户
• 允许用户假冒
• CVMFS自定义（默认：data.galaxyproject.org）

要求

此Ansible角色支持CentOS 7和Ubuntu 16.04 Xenial。

最低Ansible版本：2.1.2.0

角色变量

主要变量

galaxy_instance_description：设置Galaxy品牌，默认 = "ELIXIR-IT"

export_dir：存放Galaxy数据库文件和docker镜像的目录，默认 ="/export"

galaxy_flavor：“<owner>/<docker>:<docker_flag>”，设置Galaxy Docker容器，默认 = "bgruening/galaxy-stable:18.05"

tool_data_table_conf：tool_data_table_conf.xml文件的默认路径 = '/etc/galaxy/tool_data_table_conf.xml'

Galaxy管理员用户创建

GALAXY_ADMIN_PASSWORD：Galaxy管理员密码。

GALAXY_ADMIN_API_KEY：Galaxy管理员API密钥。

GALAXY_ADMIN_EMAIL：Galaxy管理员邮箱。

Galaxy CVMFS角色变量

refdata_cvmfs_repository_name：要挂载在Docker容器上的CVMFS存储库名称，默认 = "elixir-italy.covacs.refdata"

server_url：STRATUM 0或STRATUM 1服务器的IP地址或URL，默认 = "90.147.75.251"

cvmfs_server_url： "http://{{ server_url }}/cvmfs/{{ refdata_cvmfs_repository_name }}"

cvmfs_public_key_path：要下载的密钥的URL，默认 = "/etc/cvmfs/keys"

cvmfs_public_key： "{{ refdata_cvmfs_repository_name }}.pub"

proxy_url：代理服务器或DIRECT，默认 = DIRECT

proxy_port：80

cvmfs_http_proxy： "http://{{ proxy_url }}:{{ proxy_port }}"

cvmfs_mountpoint：CVMFS服务器的Docker挂载点，默认 = "/cvmfs"

角色模板

default.local.j2：将挂载在Galaxy Docker上的CVMFS存储库的配置文件。

mygalaxyenv.j2：包含配置Galaxy Docker所需环境变量的环境文件。

依赖项

indigo-dc.docker ：安装Docker引擎并将docker镜像存储在外部卷（/export）中。

示例Playbook

- name: 最小化Playbook
  hosts: localhost
  roles:
    - { role: galaxycloud_docker }
  vars:
    GALAXY_ADMIN_EMAIL: "<你的邮箱>"

许可证

Apache 许可证 v2

http://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0

参考

Galaxy docker: https://github.com/bgruening/docker-galaxy-stable

Laniakea项目文档: https://laniakea.readthedocs.io/en/latest/

官方cvmfs文档: http://cvmfs.readthedocs.io/en/stable/cpt-repo.html